2024

Journal articles

titre

A Riemannian framework for incorporating white matter bundle priors in ODF-based tractography algorithms.

auteur

Thomas Durantel, Gabriel Girard, Emmanuel Caruyer, Olivier Commowick, Julie Coloigner

article

PLoS ONE, In press, pp.1-10

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2023

Journal articles

titre

Editorial: Automatic methods for multiple sclerosis new lesions detection and segmentation

auteur

Olivier Commowick, Benoît Combès, Frédéric Cervenansky, Michel Dojat

article

Frontiers in Neuroscience, 2023, 17, pp.1176625. ⟨10.3389/fnins.2023.1176625⟩

DOI

DOI : 10.3389/fnins.2023.1176625

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2022

Journal articles

titre

An iterative centroid approach for diffeomorphic online atlasing

auteur

Antoine Legouhy, François Rousseau, Christian Barillot, Olivier Commowick

article

IEEE Transactions on Medical Imaging, 2022, 41 (9), pp.2521-2531. ⟨10.1109/tmi.2022.3166593⟩

DOI

DOI : 10.1109/tmi.2022.3166593

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Conference papers

titre

Imaging biomarker discovery in major depressive disorder with diffusion MRI multi-compartment models

auteur

Renaud Hedouin, Olivier Commowick, Julie Coloigner

article

OHBM 2022 - 28th Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping, Jun 2022, Glasgow, United Kingdom

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titre

A convolutional Wasserstein distance for tractography evaluation : complementary study to state-of-the-art measures

auteur

Thomas Durantel, Julie Coloigner, Olivier Commowick

article

ISBI 2022 - IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Mar 2022, Calcutta, India. ⟨10.1109/ISBI52829.2022.9761650⟩

DOI

DOI : 10.1109/ISBI52829.2022.9761650

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titre

Reproducibility and evolution of diffusion MRI measurements within the cervical spinal cord in multiple sclerosis

auteur

Haykel Snoussi, Benoit Combès, Olivier Commowick, Elise Bannier, Anne Kerbrat, Julien Cohen-Adad, Christian Barillot, Emmanuel Caruyer

article

ISBI 2022 - IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Mar 2022, Kolkata, India. pp.1-5

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Book sections

titre

L’imagerie cérébrale néonatale

auteur

François Rousseau, Olivier Commowick, Julien Jomier, Nicolas Passat, Fabrice Wallois

article

Le corps en images. Les nouvelles technologies d'imagerie pour la santé, pp.146-159, 2022, 978-2-271-14330-3

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Poster communications

titre

Imaging biomarker discovery in major depressive disorder with diffusion MRI multi-compartment models

auteur

Renaud Hedouin, Olivier Commowick, Gabriel Robert, Julie Coloigner

article

OHBM 2022 - 28th Annual Meeting of the Organization of Human Brain Mapping, Jun 2022, Glasgow, United Kingdom. pp.1-1

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2021

Journal articles

titre

Multiple sclerosis lesions segmentation from multiple experts: The MICCAI 2016 challenge dataset

auteur

Olivier Commowick, Michaël Kain, Romain Casey, Roxana Ameli, Jean-Christophe Ferré, Anne Kerbrat, Thomas Tourdias, Frédéric Cervenansky, Sorina Camarasu-Pop, Tristan Glatard, Sandra Vukusic, Gilles Edan, Christian Barillot, Michel Dojat, Francois Cotton

article

NeuroImage, 2021, 244, pp.1-8. ⟨10.1016/j.neuroimage.2021.118589⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.neuroimage.2021.118589

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titre

A Clinically-Compatible Workflow for Computer-Aided Assessment of Brain Disease Activity in Multiple Sclerosis Patients

auteur

Benoît Combès, Anne Kerbrat, Guillaume Pasquier, Olivier Commowick, Brandon Le Bon, Francesca Galassi, Philippe L'Hostis, Nora El Graoui, Raphael Chouteau, Emmanuel Cordonnier, Gilles Edan, Jean-Christophe Ferré

article

Frontiers in Medicine, 2021, 8, pp.1-14. ⟨10.3389/fmed.2021.740248⟩

DOI

DOI : 10.3389/fmed.2021.740248

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titre

Aquaporin 4 distribution in the brain and its relevance for the radiological appearance of neuromyelitis optica spectrum disease

auteur

Roxana Ameli, Charles R.G. Guttmann, Juan Carlos Prieto, Fabien Rollot, Miklos Palotai, Sandra Vukusic, Romain Marignier, François Cotton, René Anxionnat, Jean-Paul Armspach, Bertrand Audoin, Christian Barillot, Isabelle Berry, Fabrice Bonneville, Claire Boutet, Giovanni Castelnovo, Frédéric Cervenanski, Mikael Cohen, Olivier Commowick, Jerome de Seze, Vincent Dousset, Francoise Durand-Dubief, Gilles Edan, Jean-Christophe Ferré, Damien Galanaud, Tristan Glattard, Sylvie Grand, Justine Guillaumont, Rémy Guillevin, Salem Hannoun, Fabrice Heitz, Alexandre Krainik, Stéphane Kremer, Pierre Labauge, Nicolas Menjot de Champfleur, Jean-Philippe Ranjeva, Jean-Amédée Roch, Dominique Sappey-Marinier, Julien Savatovsky, Bruno Stankoff, Ayman Tourbah, Thomas Tourdias, Bruno Brochet, Michel Clanet, Nathalie Dufay, David Laplaud, Marie-Claire Maze, Thibault Moreau, Cédric Trolliet, Bernard Frangoulis, Javier Olaiz, Jean Pelletier, Bertrand Bourre, David Brassat, Philippe Cabre, Jean-Philippe Camdessanche, William Camu, Olivier Casez, Pierre Clavelou, Nicolas Collongues, Alain Creange, Gilles Defer, Marc Debouverie, Olivier Gout, Christine Lebrun-Frenay, Catherine Lubetzki, Caroline Papeix, Patrick Vermersch, Hélène Zephir

article

Journal de Neuroradiologie / Journal of Neuroradiology, 2021, 48 (3), pp.170-175. ⟨10.1016/j.neurad.2019.03.015⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.neurad.2019.03.015

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titre

Multiparametric Analysis of Cerebral Development in Preterm Infants Using Magnetic Resonance Imaging

auteur

Marine Dubois, Antoine Legouhy, Isabelle Corouge, Olivier Commowick, Baptiste Morel, Patrick Pladys, Jean-Christophe Ferré, Christian Barillot, Maïa Proisy

article

Frontiers in Neuroscience, 2021, 15, pp.1-19. ⟨10.3389/fnins.2021.658002⟩

DOI

DOI : 10.3389/fnins.2021.658002

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titre

Interpolation and averaging of diffusion MRI multi-compartment models

auteur

Renaud Hédouin, Christian Barillot, Olivier Commowick

article

IEEE Transactions on Medical Imaging, 2021, 40 (3), pp.916-927. ⟨10.1109/tmi.2020.3042765⟩

DOI

DOI : 10.1109/tmi.2020.3042765

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Conference papers

titre

MSSEG-2: Un challenge d'imagerie médicale sur VIP

auteur

Sorina Camarasu-Pop, Axel Bonnet, Arthur Masson, Michael Kain, Michel Dojat, Olivier Commowick, Frédéric Cervenansky

article

JCAD 2021, Dec 2021, En ligne, France

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titre

MSSEG-2: A medical imaging challenge on VIP

auteur

Sorina Camarasu-Pop, Axel Bonnet, Arthur Masson, Michael Kain, Michel Dojat, Olivier Commowick, Frédéric Cervenansky

article

EGI Conference 2021, Oct 2021, En ligne, France

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titre

Patient specific tracts-based analysis of diffusion compartment models: application to multiple sclerosis patients with acute optic neuritis

auteur

Olivier Commowick, Renaud Hédouin, Charlotte Laurent, Jean-Christophe Ferré

article

ISMRM 2021 - International Society for Magnetic Resonance in Medicine, May 2021, Toronto, Canada. pp.1-6

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Proceedings

titre

MSSEG-2 challenge proceedings: Multiple sclerosis new lesions segmentation challenge using a data management and processing infrastructure

auteur

Olivier Commowick, Frédéric Cervenansky, François Cotton, Michel Dojat

article

MICCAI 2021 - 24th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2021, Strasbourg, France. , pp.126, 2021

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2020

Journal articles

titre

New OFSEP recommendations for MRI assessment of multiple sclerosis patients: Special consideration for gadolinium deposition and frequent acquisitions

auteur

Stephane Kremer, Salem Hannoun, Fabrice Bonneville, Francoise Durand-Dubief, Thomas Tourdias, Christian Barillot, Charles Guttmann, Sandra Vukusic, Vincent Dousset, Francois Cotton, R. Ameli, René Anxionnat, Bertrand Audoin, Arnaud Attye, Elise Bannier, Douraied Ben Salem, Marie-Paule Boncoeur-Martel, Gildas Bonhomme, Claire Boutet, Jean-Christophe Brisset, Frédéric Cervenansky, Béatrice Claise, Olivier Commowick, Jean-Marc Constans, Pascal Dardel, Hubert Desal, Jean-Christophe Ferré, Alina Gaultier, E. Gerardin, T. Glattard, Sylvie Grand, T. Grenier, Rémy Guillevin, A. Krainik, S. Lion, Nicolas Menjot de Champfleur, Lydiane Mondot, Olivier Outteryck, Nadya Pyatigorskaya, Jean-Pierre Pruvo, Sylvain Rabaste, Jean-Philippe Ranjeva, Jean-Amédée Roch, Jean-Claude Sadik, Dominic Sappey-Marinier, Julien Savatovsky, Jean-Yves Tanguy, Ayman Tourbah, Bruno Brochet, Romain Casey, Jerome de Seze, Pascal Douek, F. Guillemin, David A. Laplaud, Christine Lebrun-Frenay, Lucilla Mansuy, Thibault Moreau, Javier Olaiz, Jean Pelletier, Claire Rigaud-Bully, Bruno Stankoff, Marc Debouverie, Gilles Edan, Jonathan Ciron, Catherine Lubetzki, Patrick Vermersch, Pierre Labauge, Gilles Defer, Eric Berger, Pierre Clavelou, O. Gout, Eric Thouvenot, Olivier Heinzlef, Abdullatif Al-Khedr, Bertrand Bourre, Olivier Casez, Philippe Cabre, Alexis Montcuquet, Alain Créange, Jean-Philippe Camdessanché, Serge Bakchine, A. Maurousset, Ivania Patry, Thomas de Broucker, Corinne Pottier, Jean-Philippe Neau, Céline Labeyrie, Chantal Nifle

article

Journal de Neuroradiologie / Journal of Neuroradiology, 2020, 47 (4), pp.250-258. ⟨10.1016/j.neurad.2020.01.083⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.neurad.2020.01.083

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titre

Unsupervised Domain Adaptation With Optimal Transport in Multi-Site Segmentation of Multiple Sclerosis Lesions From MRI Data

auteur

Antoine Ackaouy, Nicolas Courty, Emmanuel Vallée, Olivier Commowick, Christian Barillot, Francesca Galassi

article

Frontiers in Computational Neuroscience, 2020, 14, pp.1-13. ⟨10.3389/fncom.2020.00019⟩

DOI

DOI : 10.3389/fncom.2020.00019

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titre

Regional brain development analysis through registration using anisotropic similarity, a constrained affine transformation

auteur

Antoine Legouhy, Olivier Commowick, Maia Proisy, François Rousseau, Christian Barillot

article

PLoS ONE, 2020, 15 (2), pp.e0214174. ⟨10.1371/journal.pone.0214174⟩

DOI

DOI : 10.1371/journal.pone.0214174

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2019

Journal articles

titre

White matter abnormalities in depression: a categorical and phenotypic diffusion MRI study.

auteur

Julie Coloigner, Jean-Marie Batail, Olivier Commowick, Isabelle Corouge, Gabriel Robert, Christian Barillot, Dominique Drapier

article

Neuroimage-Clinical, 2019, 22, pp.101710. ⟨10.1016/j.nicl.2019.101710⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.nicl.2019.101710

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Conference papers

titre

Online atlasing using an iterative centroid

auteur

Antoine Legouhy, Olivier Commowick, François Rousseau, Christian Barillot

article

MICCAI 2019 - 22nd International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2019, Shenzhen, China. pp.366-374, ⟨10.1007/978-3-030-32248-9_41⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-030-32248-9_41

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titre

Tissue microstructure information from T2 relaxometry and diffusion MRI can identify multiple sclerosis (MS) lesions undergoing blood-brain barrier breakdown (BBB)

auteur

Sudhanya Chatterjee, Olivier Commowick, Onur Afacan, Simon K. Warfield, Christian Barillot

article

ISMRM 2019 - 27th Annual Meeting & Exhibition, May 2019, Montreal, Canada. pp.1-4

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titre

Unbiased longitudinal brain atlas creation using robust linear registration and log-Euclidean framework for diffeomorphisms

auteur

Antoine Legouhy, Olivier Commowick, François Rousseau, Christian Barillot

article

ISBI 2019 - 16th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2019, Venise, Italy. pp.1038-1041, ⟨10.1109/ISBI.2019.8759508⟩

DOI

DOI : 10.1109/ISBI.2019.8759508

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titre

Deep learning for multi-site ms lesions segmentation: two-step intensity standardization and generalized loss function

auteur

Francesca Galassi, Solène Tarride, Emmanuel Vallée, Olivier Commowick, Christian Barillot

article

ISBI 2019 - 16th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2019, Venice, Italy. pp.1

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titre

Geometric evaluation of distortion correction methods in diffusion MRI of the spinal cord

auteur

Haykel Snoussi, Emmanuel Caruyer, Julien Cohen-Adad, Olivier Commowick, Benoit Combes, Elise Bannier, Anne Kerbrat, Christian Barillot

article

ISBI 2019 - 16th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2019, Venice, Italy. pp.1696-1699, ⟨10.1109/ISBI.2019.8759196⟩

DOI

DOI : 10.1109/ISBI.2019.8759196

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Habilitation à diriger des recherches

titre

Compartments imaging for the characterization of brain diseases from quantitative MRI

auteur

Olivier Commowick

article

Neurons and Cognition [q-bio.NC]. Université de Rennes 1, France, 2019

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2018

Journal articles

titre

Objective Evaluation of Multiple Sclerosis Lesion Segmentation using a Data Management and Processing Infrastructure

auteur

Olivier Commowick, Audrey Istace, Michael Kain, Baptiste Laurent, Florent Leray, Mathieu Simon, Sorina Camarasu Pop, Pascal Girard, Roxana Ameli, Jean-Christophe Ferré, Anne Kerbrat, Thomas Tourdias, Frédéric Cervenansky, Tristan Glatard, Jeremy Beaumont, Senan Doyle, Florence Forbes, Jesse Knight, April Khademi, Amirreza Mahbod, Chunliang Wang, Richard Mckinley, Franca Wagner, John Muschelli, Elizabeth Sweeney, Eloy Roura, Xavier Llado, Michel Santos, Wellington P Santos, Abel G Silva-Filho, Xavier Tomas-Fernandez, Hélène Urien, Isabelle Bloch, Sergi Valverde, Mariano Cabezas, Francisco Javier Vera-Olmos, Norberto Malpica, Charles R G Guttmann, Sandra Vukusic, Gilles Edan, Michel Dojat, Martin Styner, Simon K. Warfield, François Cotton, Christian Barillot

article

Scientific Reports, 2018, 8 (1), pp.13650. ⟨10.1038/s41598-018-31911-7⟩

DOI

DOI : 10.1038/s41598-018-31911-7

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titre

USPIO-positive MS lesions are associated with greater tissue damage than gadolinium-positive-only lesions during 3-year follow-up

auteur

Anne Kerbrat, Benoît Combès, Olivier Commowick, Adil Maarouf, Elise Bannier, Jean-Christophe Ferré, Ayman Tourbah, Jean-Philippe Ranjeva, Christian Barillot, Gilles Edan

article

Multiple Sclerosis Journal, 2018, 24 (14), pp.1852-1861. ⟨10.1177/1352458517736148⟩

DOI

DOI : 10.1177/1352458517736148

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titre

Measurement of pediatric regional cerebral blood flow from 6 months to 15 years of age in a clinical population

auteur

Aline Carsin-Vu, Isabelle Corouge, Olivier Commowick, Guillaume Bouzillé, Christian Barillot, Jean-Christophe Ferré, Maia Proisy

article

European Journal of Radiology, 2018, 101, pp.38-44. ⟨10.1016/j.ejrad.2018.02.003⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.ejrad.2018.02.003

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Conference papers

titre

Objective Evaluation of Multiple Sclerosis Lesion Segmentation using a Data Management and Processing Infrastructure

auteur

Olivier Commowick, Christian Barillot

article

JFR 2018 - Journées Françaises de Radiologie, Oct 2018, Paris, France. pp.1-19

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titre

A Bayes Hilbert Space for Compartment Model Computing in Diffusion MRI

auteur

Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Alessandra Menafoglio, Simon K Warfield

article

MICCAI 2018 - International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention, Sep 2018, Grenade, Spain. pp.72-80, ⟨10.1007/978-3-030-00931-1_9⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-030-00931-1_9

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titre

Voxel-wise Comparison with a-contrario Analysis for Automated Segmentation of Multiple Sclerosis Lesions from Multimodal MRI

auteur

Francesca Galassi, Olivier Commowick, Emmanuel Vallee, Christian Barillot

article

MICCAI BrainLes 2018 workshop, Alessandro Crimi; Spyridon Bakas, Sep 2018, Granada, Spain. pp.180-188, ⟨10.1007/978-3-030-11723-8_18⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-030-11723-8_18

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titre

Identification of Gadolinium contrast enhanced regions in MS lesions using brain tissue microstructure information obtained from diffusion and T2 relaxometry MRI

auteur

Sudhanya Chatterjee, Olivier Commowick, Onur Afacan, Simon K Warfield, Christian Barillot

article

21st International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention (MICCAI 2018), Sep 2018, Grenade, Spain. pp.63-71, ⟨10.1007/978-3-030-00931-1_8⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-030-00931-1_8

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titre

Integration of Probabilistic Atlas and Graph Cuts for Automated Segmentation of Multiple Sclerosis lesions

auteur

Francesca Galassi, Olivier Commowick, Christian Barillot

article

International Society for Magnetic Resonance in Medicine (ISMRM 2018), Jun 2018, Paris, France. pp.1-6

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titre

A 3-year follow-up study of enhancing and non-enhancing multiple sclerosis (MS) lesions in MS patients demonstrating clinically isolated syndrome (CIS) using a multi-compartment T2 relaxometry (MCT2) model

auteur

Sudhanya Chatterjee, Olivier Commowick, Onur Afacan, Benoît Combès, Anne Kerbrat, Simon K Warfield, Christian Barillot

article

ISMRM Annual Meeting 2018, Jun 2018, Paris, France. pp.1-5

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titre

Anisotropic similarity, a constrained affine transformation: Application to brain development analysis

auteur

Antoine Legouhy, Olivier Commowick, François Rousseau, Christian Barillot

article

ISMRM 2018, Jun 2018, Paris, France. pp.1

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titre

Multi-Compartment Model of Brain Tissues from T2 Relaxometry MRI Using Gamma Distribution

auteur

Sudhanya Chatterjee, Olivier Commowick, Onur Afacan, Simon K Warfield, Christian Barillot

article

ISBI 2018 - IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2018, Washington DC, United States. pp.141-144, ⟨10.1109/ISBI.2018.8363541⟩

DOI

DOI : 10.1109/ISBI.2018.8363541

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Preprints, Working Papers, ...

titre

A three year follow-up study of gadolinium enhanced and non-enhanced regions in multiple sclerosis lesions using a multi-compartment T2 relaxometry model.

auteur

Sudhanya Chatterjee, Olivier Commowick, Onur Afacan, Benoît Combès, Simon K. Warfield, Christian Barillot

article

2018

DOI

DOI : 10.1101/365379

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2017

Journal articles

titre

Longitudinal multiple sclerosis lesion segmentation: Resource and challenge

auteur

Aaron Carass, Snehashis Roy, Amod Jog, Jennifer L. Cuzzocreo, Elizabeth Magrath, Adrian Gherman, Julia Button, James Nguyen, Ferran Prados, Carole H. Sudre, Manuel Jorge Cardoso, Niamh Cawley, Olga Ciccarelli, Claudia A.M. Wheeler-Kingshott, Sébastien Ourselin, Laurence Catanese, Hrishikesh Deshpande, Pierre Maurel, Olivier Commowick, Christian Barillot, Xavier Tomas-Fernandez, Simon K. Warfield, Suthirth Vaidya, Abhijith Chunduru, Ramanathan Muthuganapathy, Ganapathy Krishnamurthi, Andrew Jesson, Tal Arbel, Oskar Maier, Heinz Handels, Leonardo O. Iheme, Devrim Unay, Saurabh Jain, Diana M. Sima, Dirk Smeets, Mohsen Ghafoorian, Bram Platel, Ariel Birenbaum, Hayit Greenspan, Pierre-Louis Bazin, Peter A. Calabresi, Ciprian M. Crainiceanu, Lotta M. Ellingsen, Daniel S. Reich, Jerry L. Prince, Dzung L. Pham

article

NeuroImage, 2017, 148, pp.77 - 102. ⟨10.1016/j.neuroimage.2016.12.064⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.neuroimage.2016.12.064

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titre

Block-Matching Distortion Correction of Echo-Planar Images With Opposite Phase Encoding Directions

auteur

Renaud Hédouin, Olivier Commowick, Elise Bannier, Benoit Scherrer, Maxime Taquet, Simon K. Warfield, Christian Barillot

article

IEEE Transactions on Medical Imaging, 2017, 36 (5), pp.1106 - 1115. ⟨10.1109/TMI.2016.2646920⟩

DOI

DOI : 10.1109/TMI.2016.2646920

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Conference papers

titre

Comparison of inhomogeneity distortion correction methods in diffusion MRI of the spinal cord

auteur

Haykel Snoussi, Emmanuel Caruyer, Olivier Commowick, Elise Bannier, Anne Kerbrat, Christian Barillot

article

ESMRMB - 34th Annual Scientific Meeting European Society for Magnetic Resonance in Medecine and Biology, Oct 2017, Barcelone, Spain

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titre

L2 Similarity Metrics for Diffusion Multi-Compartment Model Images Registration

auteur

Olivier Commowick, Renaud Hédouin, Emmanuel Caruyer, Christian Barillot

article

20th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention - MICCAI, Sep 2017, Québec, Canada. pp.257-265, ⟨10.1007/978-3-319-66182-7_30⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-319-66182-7_30

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titre

Multi-Compartment T2 Relaxometry Model Using Gamma Distribution Representations: A Framework for Quantitative Estimation of Brain Tissue Microstructures

auteur

Sudhanya Chatterjee, Olivier Commowick, Simon K. Warfield, Christian Barillot

article

ISMRM 25TH ANNUAL MEETING & EXHIBITION, Apr 2017, Honolulu, Hawaii, USA, United States

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titre

Gaining Insights Into Multiple Sclerosis Lesion Characteristics from Brain Tissue Microstructure Information: A Multi-Compartment T2 Relaxometry Approach

auteur

Sudhanya Chatterjee, Olivier Commowick, Simon K. Warfield, Christian Barillot

article

ISMRM 25TH ANNUAL MEETING & EXHIBITION, Apr 2017, Honolulu, Hawaii, USA, United States

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2016

Journal articles

titre

Shanoir: Applying the Software as a Service Distribution Model to Manage Brain Imaging Research Repositories

auteur

Christian Barillot, Elise Bannier, Olivier Commowick, Isabelle Corouge, Anthony Baire, Ines Fackfack, Justine Guillaumont, Yao Yao, Michael Kain

article

Frontiers in information and communication technologies, 2016, MAPPING: MAnagement and Processing of Images for Population ImagiNG, ⟨10.3389/fict.2016.00025⟩

DOI

DOI : 10.3389/fict.2016.00025

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titre

Imaging biomarkers in Multiple Sclerosis: from image analysis to population imaging

auteur

Christian Barillot, Gilles Edan, Olivier Commowick

article

Medical Image Analysis, 2016, 33, pp.134-139. ⟨10.1016/j.media.2016.06.017⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.media.2016.06.017

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Conference papers

titre

A Bayesian Model to Assess T2 Values and Their Changes Over Time in Quantitative MRI

auteur

Benoit Combès, Anne Kerbrat, Olivier Commowick, Christian Barillot

article

19th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention (MICCAI), Oct 2016, Athens, Greece. pp.570 - 578, ⟨10.1007/978-3-319-46726-9_66⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-319-46726-9_66

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titre

Comprehensive Maximum Likelihood Estimation of Diffusion Compartment Models Towards Reliable Mapping of Brain Microstructure

auteur

Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Simon K Warfield, Simone Vantini

article

19th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention (MICCAI), Oct 2016, Athens, Greece. pp.622 - 630, ⟨10.1007/978-3-319-46726-9_72⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-319-46726-9_72

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titre

Automatic Multiple Sclerosis lesion segmentation from Intensity-Normalized multi-channel MRI

auteur

Jeremy Beaumont, Olivier Commowick, Christian Barillot

article

Proceedings of the 1st MICCAI Challenge on Multiple Sclerosis Lesions Segmentation Challenge Using a Data Management and Processing Infrastructure - MICCAI-MSSEG, Oct 2016, Athens, Greece

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titre

Multiple Sclerosis lesion segmentation using an automated multimodal Graph Cut

auteur

Jeremy Beaumont, Olivier Commowick, Christian Barillot

article

Proceedings of the 1st MICCAI Challenge on Multiple Sclerosis Lesions Segmentation Challenge Using a Data Management and Processing Infrastructure – MICCAI-MSSEG, Oct 2016, Athens, Greece. pp.1-8

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titre

Maximum Likelihood Estimators of Brain White Matter Microstructure

auteur

Olivier Commowick, Aymeric Stamm, Simone Vantini, Simon K. Warfield

article

48th Scientific Meeting of the Italian Statistical Society, Jun 2016, Salerno, Italy

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Proceedings

titre

MSSEG Challenge Proceedings: Multiple Sclerosis Lesions Segmentation Challenge Using a Data Management and Processing Infrastructure

auteur

Olivier Commowick, Frédéric Cervenansky, Roxana Ameli

article

MICCAI, Oct 2016, Athènes, Greece. 2016

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2015

Journal articles

titre

The DTI Challenge: Toward Standardized Evaluation of Diffusion Tensor Imaging Tractography for Neurosurgery

auteur

Sonia Pujol, William Wells, Carlo Pierpaoli, Caroline Brun, James Gee, Guang Cheng, Baba Vemuri, Olivier Commowick, Sylvain Prima, Aymeric Stamm, Maged Goubran, Ali Khan, Terry Peters, Peter Neher, Klaus H Maier-Hein, Yundi Shi, Antonio Tristan-Vega, Gopalkrishna Veni, Ross Whitaker, Martin Styner, Carl-Fredrik Westin, Sylvain Gouttard, Isaiah Norton, Laurent Chauvin, Hatsuho Mamata, Guido Gerig, Arya Nabavi, Alexandra Golby, Ron Kikinis

article

Journal of Neuroimaging, 2015, pp.8. ⟨10.1111/jon.12283⟩

DOI

DOI : 10.1111/jon.12283

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titre

CARMIN: a common web API for remote pipeline execution

auteur

Tristan Glatard, Yann Cointepas, Olivier Commowick, Michael Kain, Baptiste Laurent, Florent Leray, Christian Barillot

article

Frontiers in Neuroscience, 2015, 9, ⟨10.3389/conf.fnins.2015.91.00053⟩

DOI

DOI : 10.3389/conf.fnins.2015.91.00053

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titre

Diffusion MRI abnormalities detection with orientation distribution functions: A multiple sclerosis longitudinal study

auteur

Olivier Commowick, Adil Maarouf, Jean-Christophe Ferré, Jean-Philippe Ranjeva, Gilles Edan, Christian Barillot

article

Medical Image Analysis, 2015, 22 (1), pp.114-123. ⟨10.1016/j.media.2015.02.005⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.media.2015.02.005

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titre

OFSEP, a nationwide cohort of people with multiple sclerosis: Consensus minimal MRI protocol

auteur

Roxana Amélie, René Anxionnat, Jean-Paul Armspach, Bertrand Audoin, Christian Barillot, Isabelle Berry, Fabrice Bonneville, Claire Boutet, Giovanni Castelnovo, Frédéric Cervenansky, Mikael Cohen, Olivier Commowick, François Cotton, Jérôme de Seze, Vincent Dousset, Françoise Durand-Dubief, Gilles Edan, Jean-Christophe Ferre, Damien Galanaud, Tristan Glattard, Sylvie Grand, Justine Guillaumont, Rémy Guillevin, Charles Guttmann, Salem Hannoun, Fabrice Heitz, Alexandre Krainik, Stéphane Kremer, Pierre Labauge, Nicolas Menjot de Champfleur, Jean-Philippe Ranjeva, Jean-Amédée Roch, Dominique Sappey-Marinier, Julien Savatovsky, Bruno Stankoff, Thomas Tourdias, Ayman Tourbah, Sandra Vukusic

article

Journal de Neuroradiologie / Journal of Neuroradiology, 2015, 42 (3), pp.133 - 140. ⟨10.1016/j.neurad.2014.12.001⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.neurad.2014.12.001

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Conference papers

titre

Shanoir: Software as a Service Environment to Manage Population Imaging Research Repositories

auteur

Christian Barillot, Elise Bannier, Olivier Commowick, Isabelle Corouge, Justine Guillaumont, Yao Yao, Michael Kain

article

MICCAI Workshop on MAnagement and Processing of images for Population ImagiNG, Oct 2015, Munich, Germany. pp.23-30

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titre

Interpolation and Averaging of Multi-Compartment Model Images

auteur

Renaud Hedouin, Olivier Commowick, Aymeric Stamm, Christian Barillot

article

18th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention (MICCAI), Oct 2015, Munich, Germany. pp.354-362, ⟨10.1007/978-3-319-24571-3_43⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-319-24571-3_43

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titre

Quantification of Myelin Degeneration in Multiple Sclerosis within Clinical Scan Times

auteur

Lucas Soustelle, Olivier Commowick, Elise Bannier, Christian Barillot

article

ISMRM, May 2015, Toronto, Canada

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titre

Results of a Phase 1b study to confirm safety and tolerability of olesoxime in multiple sclerosis patients

auteur

Jean Pelletier, Jean-Philippe Ranjeva, Ayman Tourbah, Gilles Edan, Christian Barillot, Sophie Le Lamer, Bertrand Audoin, Audrey Rico, Lydie Crespy, Ben Ridley, W Zaaraoui, Sylviane Confort-Gouny, Maxime Guye, Adil Maarouf, Nathalie Caucheteux, Marie-Pierre Chaunu, Christophe Portefaix, Laurent Pierot, Olivier Commowick, Anne Kerbrat, Laurence Catanese, Valerie Cuvier, Julien Veys, Rebecca Pruss, Wilfried Hauke

article

American Academy of Neurology, Apr 2015, Washington, DC, United States

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titre

Probabilistic One Class Learning for Automatic Detection of Multiple Sclerosis Lesions

auteur

Yogesh Karpate, Olivier Commowick, Christian Barillot

article

IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), Apr 2015, Brooklyn, United States. pp.486-489

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titre

Symmetric Block-Matching Registration for the Distortion Correction of Echo-Planar Images

auteur

Renaud Hedouin, Olivier Commowick, Maxime Taquet, Elise Bannier, Benoit Scherrer, Simon K. Warfield, Christian Barillot

article

IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), Apr 2015, New York, United States. pp.717-720

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titre

Automatic graph cut segmentation of multiple sclerosis lesions

auteur

Laurence Catanese, Olivier Commowick, Christian Barillot

article

ISBI Longitudinal Multiple Sclerosis Lesion Segmentation Challenge, Apr 2015, New York, United States

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titre

Quantification de la fraction d’eau piégée dans la myéline – Faisabilité et évaluation clinique en SEP

auteur

Lucas Soustelle, Olivier Commowick, Elise Bannier, Christian Barillot

article

SFRMBM, Mar 2015, Grenoble, France

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titre

Robust Detection of Multiple Sclerosis Lesions from Intensity-Normalized Multi-Channel MRI

auteur

Yogesh Karpate, Olivier Commowick, Christian Barillot

article

SPIE Medical Imaging, Feb 2015, Orlando, United States

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Patents

titre

Method of characterizing molecular diffusion within a body from a set of diffusionweighted magnetic resonance signals and apparatus for carrying out such a method

auteur

Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Patrick Pérez, Christian Barillot

article

France, Patent n° : 069127 WO. 2015

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Poster communications

titre

Symmetric Block-Matching Registration for the Distortion Correction of Echo-Planar Images

auteur

Renaud Hédouin, Olivier Commowick, Elise Bannier, Christian Barillot

article

ESMRMB, Oct 2015, Edimbourg, United Kingdom. 2015

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2014

Journal articles

titre

A Mathematical Framework for the Registration and Analysis of Multi-Fascicle Models for Population Studies of the Brain Microstructure

auteur

Maxime Taquet, Benoit Scherrer, Olivier Commowick, Jurriaan Peters, Mustafa Sahin, Benoît Macq, Simon K. Warfield

article

IEEE Transactions on Medical Imaging, 2014, 33 (2), pp.504-517. ⟨10.1109/TMI.2013.2289381⟩

DOI

DOI : 10.1109/TMI.2013.2289381

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titre

Predictive Value of Imaging Markers at Multiple Sclerosis Disease Onset Based on Gadolinium- and USPIO-Enhanced MRI and Machine Learning

auteur

Alessandro Crimi, Olivier Commowick, Adil Maarouf, Jean-Christophe Ferré, Elise Bannier, Ayman Tourbah, Isabelle Berry, Jean-Philippe Ranjeva, Gilles Edan, Christian Barillot

article

PLoS ONE, 2014, 9 (4), pp.e93024. ⟨10.1371/journal.pone.0093024⟩

DOI

DOI : 10.1371/journal.pone.0093024

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Conference papers

titre

Simultaneous Estimation of T1, T2 and B1 Maps From Relaxometry MR Sequences

auteur

Fang Cao, Olivier Commowick, Elise Bannier, Christian Barillot

article

MICCAI Workshop on Intelligent Imaging Linking MR Acquisition and Processing, Sep 2014, United States. pp.16-23

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titre

Longitudinal Intensity Normalization in Multiple Sclerosis Patients

auteur

Yogesh Karpate, Olivier Commowick, Christian Barillot, Gilles Edan

article

MICCAI Workshop on Clinical Image-based Procedures, Sep 2014, Boston, United States. pp.1-8

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titre

Tracking the Cortico-Spinal Tract as a Multi-Modal Distribution of Streamlines from Local White Matter Microstructure Models

auteur

Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Xavier Tomas-Fernandez, Jolene Singh, Simon K. Warfield

article

MICCAI Challenge on DTI Tractography Proceedings, Sep 2014, Boston, United States. pp.21-32

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titre

Analyse d'images spatio-temporelles dans la Sclérose en Plaques

auteur

Christian Barillot, Yogesh Karpate, Alessandro Crimi, Olivier Commowick

article

Reconnaissance de Formes et Intelligence Artificielle (RFIA) 2014, Jun 2014, Rouen, France

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titre

Non-central chi estimation of multi-compartment models improves model selection by reducing overfitting

auteur

Aymeric Stamm, Benoit Scherrer, Stefano Baraldo, Olivier Commowick, Simon K. Warfield

article

ISMRM, May 2014, Milan, Italy. pp.2623

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titre

Fast and robust detection of the optimal number of fascicles in diffusion images using model averaging theory

auteur

Aymeric Stamm, Benoit Scherrer, Olivier Commowick, Christian Barillot, Simon K. Warfield

article

ISMRM, May 2014, Milan, Italy. pp.2629

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titre

Quantitative Relaxation Templates for the Human Brain at 3T

auteur

Fang Cao, Olivier Commowick, Camille Maumet, Christian Barillot

article

IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2014, China. pp.57-60

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titre

Fast Identification of Optimal Fascicle Configurations from Standard Clinical Diffusion MRI Using Akaike Information Criterion

auteur

Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Patrick Pérez, Christian Barillot

article

IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2014, China. pp.238-241

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2013

Journal articles

titre

GPU & CPU implementation of Young - Van Vliet's Recursive Gaussian Smoothing Filter

auteur

Irina Vidal-Migallón, Olivier Commowick, Xavier Pennec, Julien Dauguet, Tom Vercauteren

article

Insight Journal, 2013, pp.16

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Conference papers

titre

Tracking the Cortico-Spinal Tract from Low Spatial and Angular Resolution Diffusion MRI

auteur

Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Patrick Pérez, Christian Barillot

article

MICCAI 2013 DTI Tractography Challenge on Peritumoral White Matter Anatomy for Neurosurgical Decision-Making, Sep 2013, Japan. pp.43-53

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titre

Statistical Analysis of White Matter Integrity for the Clinical Study of Specific Language Impairment in Children

auteur

Emmanuel Vallee, Olivier Commowick, Camille Maumet, Aymeric Stamm, Elisabeth Le Rumeur, Catherine Allaire, Jean-Christophe Ferré, Clément de Guibert, Christian Barillot

article

MICCAI 2013 Workshop on Computational Diffusion MRI, Sep 2013, Japan. pp.187-195, ⟨10.1007/978-3-319-02475-2_17⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-319-02475-2_17

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titre

Adaptive Multi-modal Particle Filtering for Probabilistic White Matter Tractography

auteur

Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Christian Barillot, Patrick Pérez

article

Information Processing in Medical Imaging, Jul 2013, Monterey, United States. pp.594-606, ⟨10.1007/978-3-642-38868-2_50⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-642-38868-2_50

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titre

Using bilateral symmetry to improve non-local means denoising of MR brain images

auteur

Sylvain Prima, Olivier Commowick

article

10th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging: From Nano to Macro (ISBI'2013), Apr 2013, San Francisco, United States. pp.1-8, ⟨10.1109/ISBI.2013.6556703⟩

DOI

DOI : 10.1109/ISBI.2013.6556703

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titre

Semi-Automatic Classification of Lesion Patterns in Patients with Clinically Isolated Syndrome

auteur

Alessandro Crimi, Olivier Commowick, Jean-Christophe Ferré, Adil Maarouf, Gilles Edan, Christian Barillot

article

International Symposium on Biomedical Imaging: From Nano to Macro, Apr 2013, San Francisco, United States. pp.1102-1105, ⟨10.1109/ISBI.2013.6556671⟩

DOI

DOI : 10.1109/ISBI.2013.6556671

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titre

Multiple Sclerosis Lesions Evolution in Patients with Clinically Isolated Syndrome

auteur

Alessandro Crimi, Olivier Commowick, Jean-Christophe Ferré, Adil Maarouf, Gilles Edan, Christian Barillot

article

SPIE Medical Imaging 2013: Image Processing, Feb 2013, United States. pp.86690I-86690I-8

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titre

Multimodal rigid-body registration of 3D brain images using bilateral symmetry

auteur

Sylvain Prima, Olivier Commowick

article

Medical Imaging 2013: Image Processing, Feb 2013, Lake Buena Vista (Orlando Area), United States. pp.866911, ⟨10.1117/12.2007075⟩

DOI

DOI : 10.1117/12.2007075

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2012

Journal articles

titre

Estimating A Reference Standard Segmentation with Spatially Varying Performance Parameters: Local MAP STAPLE

auteur

Olivier Commowick, Alireza Akhondi-Asl, Simon K. Warfield

article

IEEE Transactions on Medical Imaging, 2012, 31 (8), pp.1593-1606. ⟨10.1109/TMI.2012.2197406⟩

DOI

DOI : 10.1109/TMI.2012.2197406

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titre

Voxel-based quantitative analysis of brain images from F-18 Fluorodeoxyglucose Positron Emission Tomography with a Block-Matching algorithm for spatial normalization

auteur

Christophe Person, Valérie Louis-Dorr, Sylvain Poussier, Olivier Commowick, Grégoire Malandain, Louis Maillard, Didier Wolf, Nicolas Gilet, Véronique Roch, Gilles Karcher, Pierre-Yves Marie

article

Clinical Nuclear Medicine, 2012, 37 (3), pp.268-273. ⟨10.1097/RLU.0b013e3182443b2d⟩

DOI

DOI : 10.1097/RLU.0b013e3182443b2d

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titre

Automated delineation of white matter fiber tracts with a multiple region-of-interest approach.

auteur

Ralph O. Suarez, Olivier Commowick, Sanjay P. Prabhu, Simon K. K. Warfield

article

NeuroImage, 2012, 59 (4), pp.3690-3700. ⟨10.1016/j.neuroimage.2011.11.043⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.neuroimage.2011.11.043

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Conference papers

titre

Registration and Analysis of White Matter Group Differences with a Multi-Fiber Model

auteur

Maxime Taquet, Benoit Scherrer, Olivier Commowick, Jurriaan Peters, Mustafa Sahin, Benoît Macq, Simon K. Warfield

article

15th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2012, Nice, France. pp.313-320

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titre

Automated diffeomorphic registration of anatomical structures with rigid parts: application to dynamic cervical MRI.

auteur

Olivier Commowick, Nicolas Wiest-Daesslé, Sylvain Prima

article

MICCAI 2012 - 15th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2012, Nice, France. pp.163-70, ⟨10.1007/978-3-642-33418-4_21⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-642-33418-4_21

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titre

Non-local robust detection of DTI white matter differences with small databases.

auteur

Olivier Commowick, Aymeric Stamm

article

MICCAI 2012 - 15th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2012, Nice, France. pp.476-84, ⟨10.1007/978-3-642-33454-2_59⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-642-33454-2_59

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titre

MRI Estimation of T1 Relaxation Time Using a Constrained Optimization Algorithm

auteur

Fang Cao, Olivier Commowick, Elise Bannier, Jean-Christophe Ferré, Gilles Edan, Christian Barillot

article

MBIA 2012, Oct 2012, Nice, France. pp.203-214

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titre

Multifiber Deterministic Streamline Tractography of the Corticospinal Tract Based on a New Diffusion Model: Part II

auteur

Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Patrick Pérez, Christian Barillot

article

MICCAI 2012 DTI Tractography Challenge, Oct 2012, Nice, France. pp.12-20

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titre

Block-Matching Strategies for Rigid Registration of Multimodal Medical Images

auteur

Olivier Commowick, Nicolas Wiest-Daesslé, Sylvain Prima

article

9th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI'2012), May 2012, Barcelona, Spain. pp.700-703, ⟨10.1109/ISBI.2012.6235644⟩

DOI

DOI : 10.1109/ISBI.2012.6235644

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2011

Journal articles

titre

Evaluation of registration methods on thoracic CT: the EMPIRE10 challenge.

auteur

Keelin Murphy, Bram van Ginneken, Joseph M. Reinhardt, Sven Kabus, Kai Ding, Xiang Deng, Kunlin Cao, Kaifang Du, Gary E. Christensen, Vincent Garcia, Tom Vercauteren, Nicholas Ayache, Olivier Commowick, Grégoire Malandain, Ben Glocker, Nikolaos Paragios, Nassir Navab, Vladlena Gorbunova, Jon Sporring, Marleen de Bruijne, Xiao Han, Mattias P. Heinrich, Julia A. Schnabel, Mark Jenkinson, Cristian Lorenz, Marc Modat, Jamie R. Mcclelland, Sébastien Ourselin, Sacha Ea Muenzing, Max A. Viergever, Dante de Nigris, Louis D. Collins, Tal Arbel, Marta Peroni, Rui Li, Gregory C. Sharp, Alexander Schmidt-Richberg, Jan Ehrhardt, René Werner, Dirk Smeets, Dirk Loeckx, Gang Song, Nicholas Tustison, Brian Avants, James C. Gee, Marius Staring, Stefan Klein, Berend C. Stoel, Martin Urschler, Manuel Werlberger, Jef Vandemeulebroucke, Simon Rit, David Sarrut, Josien Pw Pluim

article

IEEE Transactions on Medical Imaging, 2011, 30 (11), pp.1901-20. ⟨10.1109/TMI.2011.2158349⟩

DOI

DOI : 10.1109/TMI.2011.2158349

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Conference papers

titre

Comparison of 3 Diffusion Models to Track the Hand Motor Fibers within the Corticospinal Tract Using Functional, Anatomical and Diffusion MRI

auteur

Nicolas Wiest-Daesslé, Olivier Commowick, Aymeric Stamm, Patrick Pérez, Christian Barillot, Romuald Seizeur, Sylvain Prima

article

MICCAI 2011 Workshop on Computational Diffusion MRI (CDMRI'11), Sep 2011, Toronto, Canada. pp.150-157

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titre

Multifiber Deterministic Streamline Tractography of the Corticospinal Tract Based on a New Diffusion Model

auteur

Olivier Commowick, Aymeric Stamm, Romuald Seizeur, Patrick Pérez, Christian Barillot, Sylvain Prima, Nicolas Wiest-Daesslé

article

MICCAI 2011 DTI Tractography Challenge Workshop, Sep 2011, Toronto, Canada. pp.18-24

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titre

Automated detection of white matter fiber bundles

auteur

Ralph Suarez, Olivier Commowick, Xavier Tomas-Fernandez, Sanjay Prabhu, Simon K. Warfield

article

IEEE International Symposium on Biomedical Imaging: From Nano to Macro, 2011, Apr 2011, Chicago, IL, United States. pp.845-848, ⟨10.1109/ISBI.2011.5872536⟩

DOI

DOI : 10.1109/ISBI.2011.5872536

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2010

Journal articles

titre

Outils de contourage, utilisation et construction d'atlas anatomiques : exemples des cancers de la tete et du cou

auteur

Liliane Ramus, Juliette Thariat, Pierre-Yves Marcy, Yoann Pointreau, Guillaume Bera, Olivier Commowick, Grégoire Malandain

article

Cancer/Radiothérapie, 2010, 14 (3), pp.206-12

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Conference papers

titre

Construction of patient specific atlases from locally most similar anatomical pieces.

auteur

Liliane Ramus, Olivier Commowick, Grégoire Malandain

article

Med Image Comput Comput Assist Interv (MICCAI), Sep 2010, China. pp.155-162

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titre

Incorporating priors on expert performance parameters for segmentation validation and label fusion: a maximum a posteriori STAPLE.

auteur

Olivier Commowick, Simon K Warfield

article

Med Image Comput Comput Assist Interv, Sep 2010, China. pp.25-32

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titre

A Robust and Efficient Block Matching Framework for Non Linear Registration of Thoracic CT Images

auteur

Vincent Garcia, Olivier Commowick, Grégoire Malandain

article

Grand Challenges in Medical Image Analysis (MICCAI workshop), 2010, Beijing, China, China. pp.1-10

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2009

Journal articles

titre

A Fast and Log-Euclidean Polyaffine Framework for Locally Linear Registration

auteur

Vincent Arsigny, Olivier Commowick, Nicholas Ayache, Xavier Pennec

article

Journal of Mathematical Imaging and Vision, 2009, 33 (2), pp.222-238. ⟨10.1007/s10851-008-0135-9⟩

DOI

DOI : 10.1007/s10851-008-0135-9

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titre

A pre-clinical assessment of an atlas-based automatic segmentation tool for the head and neck

auteur

Richard Sims, Aurélie Isambert, Vincent Grégoire, François Bidault, Lydia Fresco, John Sage, John Mills, Jean Bourhis, Dimitri Lefkopoulos, Olivier Commowick, Mehdi Benkebil, Grégoire Malandain

article

Radiotherapy & Oncology, 2009, 93 (3), pp.474-8

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Conference papers

titre

Using Frankenstein's Creature Paradigm to Build a Patient Specific Atlas

auteur

Olivier Commowick, Simon K. K. Warfield, Grégoire Malandain

article

Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention (MICCAI'09), Part II, 2009, London, UK, United States. pp.993--1000, ⟨10.1007/978-3-642-04271-3_120⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-642-04271-3_120

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2008

Journal articles

titre

An efficient locally affine framework for the smooth registration of anatomical structures

auteur

Olivier Commowick, Vincent Arsigny, Aurélie Isambert, Jimena Costa, Frédéric Dhermain, F. Bidault, Pierre-Yves Bondiau, Nicholas Ayache, Grégoire Malandain

article

Medical Image Analysis, 2008, 12 (4), pp.427-41. ⟨10.1016/j.media.2008.01.002⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.media.2008.01.002

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titre

Atlas-Based Delineation of Lymph Node Levels in Head and Neck Computed Tomography Images

auteur

Olivier Commowick, Vincent Grégoire, Grégoire Malandain

article

Radiotherapy & Oncology, 2008, 87 (2), pp.281-289

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titre

Evaluation of an atlas-based automatic segmentation software for the delineation of brain organs at risk in a radiation therapy clinical context

auteur

Aurélie Isambert, Frédéric Dhermain, F. Bidault, Olivier Commowick, Pierre-Yves Bondiau, Grégoire Malandain, Dimitri Lefkopoulos

article

Radiotherapy & Oncology, 2008, 87 (1), pp.93-9. ⟨10.1016/j.radonc.2007.11.030⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.radonc.2007.11.030

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Conference papers

titre

Detection of DTI white matter abnormalities in multiple sclerosis patients.

auteur

Olivier Commowick, Pierre Fillard, Olivier Clatz, Simon K Warfield

article

International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2008, New York City, United States. pp.975-82, ⟨10.1007/978-3-540-85988-8_116⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-540-85988-8_116

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2007

Conference papers

titre

Efficient Selection of the Most Similar Image in a Database for Critical Structures Segmentation

auteur

Olivier Commowick, Grégoire Malandain

article

Proc. Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention (MICCAI'07), Part II, 2007, Brisbane, Australia, Australia. pp.203--210

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Theses

titre

Design and Use of Anatomical Atlases for Radiotherapy

auteur

Olivier Commowick

article

Interface homme-machine [cs.HC]. Université Nice Sophia Antipolis, 2007. Français. ⟨NNT : ⟩

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2006

Conference papers

titre

Statistics on Diffeomorphisms in a Log-Euclidean Framework

auteur

Vincent Arsigny, Olivier Commowick, Xavier Pennec, Nicholas Ayache

article

1st MICCAI Workshop on Mathematical Foundations of Computational Anatomy: Geometrical, Statistical and Registration Methods for Modeling Biological Shape Variability, Oct 2006, Copenhagen, Denmark. pp.14-15

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titre

Evaluation of Atlas Construction Strategies in the Context of Radiotherapy Planning

auteur

Olivier Commowick, Grégoire Malandain

article

Proceedings of the SA2PM Workshop (From Statistical Atlases to Personalized Models), 2006, Copenhagen, Denmark

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titre

A Log-Euclidean Polyaffine Framework for Locally Rigid or Affine Registration

auteur

Vincent Arsigny, Olivier Commowick, Xavier Pennec, Nicholas Ayache

article

Proceedings of the Third International Workshop on Biomedical Image Registration (WBIR'06), 2006, Utrecht, The Netherlands, Netherlands. pp.120-127, ⟨10.1007/11784012_15⟩

DOI

DOI : 10.1007/11784012_15

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titre

A Log-Euclidean Framework for Statistics on Diffeomorphisms

auteur

Vincent Arsigny, Olivier Commowick, Xavier Pennec, Nicholas Ayache

article

MICCAI 2006 - Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Part I, 2006, Copenhaguen, Denmark. pp.924--931, ⟨10.1007/11866565_113⟩

DOI

DOI : 10.1007/11866565_113

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titre

An Efficient Locally Affine Framework for the Registration of Anatomical Structures

auteur

Olivier Commowick, Vincent Arsigny, Jimena Costa, Nicholas Ayache, Grégoire Malandain

article

Proceedings of the Third IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI 2006), 2006, Crystal Gateway Marriott, Arlington, Virginia, USA, United States. pp.478-481

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Reports

titre

A Fast and Log-Euclidean Polyaffine Framework for Locally Affine Registration

auteur

Vincent Arsigny, Olivier Commowick, Xavier Pennec, Nicholas Ayache

article

[Research Report] RR-5865, INRIA. 2006, pp.46

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2005

Journal articles

titre

Atlas-based automatic segmentation of MR images: validation study on the brainstem in radiotherapy context

auteur

Pierre-Yves Bondiau, Grégoire Malandain, Stéphane Chanalet, Pierre-Yves Marcy, Jean-Louis Habrand, François Fauchon, Philippe Paquis, Adel Courdi, Olivier Commowick, Isabelle Rutten, Nicholas Ayache

article

International Journal of Radiation Oncology, Biology, Physics, 2005, 61 (1), pp.289-98. ⟨10.1016/j.ijrobp.2004.08.055⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.ijrobp.2004.08.055

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Conference papers

titre

Incorporating statistical measures of anatomical variability in atlas-to-subject registration for conformal brain radiotherapy.

auteur

Olivier Commowick, Radu Stefanescu, Pierre Fillard, Vincent Arsigny, Nicholas Ayache, Xavier Pennec, Grégoire Malandain

article

Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention - MICCAI 2005, Oct 2005, Palm Springs, CA, United States. pp.927-34, ⟨10.1007/11566489_114⟩

DOI

DOI : 10.1007/11566489_114

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2004

Conference papers

titre

Non-Rigid Atlas to Subject Registration with Pathologies for Conformal Brain Radiotherapy

auteur

Radu Stefanescu, Olivier Commowick, Grégoire Malandain, Pierre-Yves Bondiau, Nicholas Ayache, Xavier Pennec

article

MICCAI 2004 - 7th International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention, Sep 2004, Saint-Malo, France. pp.704-711, ⟨10.1007/978-3-540-30135-6_86⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-540-30135-6_86

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