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2021

Journal articles

titre
Multiparametric Analysis of Cerebral Development in Preterm Infants Using Magnetic Resonance Imaging
auteur
Marine Dubois, Antoine Legouhy, Isabelle Corouge, Olivier Commowick, Baptiste Morel, Patrick Pladys, Jean-Christophe Ferré, Christian Barillot, Maïa Proisy
article
Frontiers in Neuroscience, Frontiers, 2021, 15, pp.1-19. ⟨10.3389/fnins.2021.658002⟩
DOI
DOI : 10.3389/fnins.2021.658002
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https://hal.inria.fr/hal-03202821/file/fnins-15-658002.pdf BibTex
titre
Interpolation and averaging of diffusion MRI multi-compartment models
auteur
Renaud Hedouin, Christian Barillot, Olivier Commowick
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2021, 40 (3), pp.916-927. ⟨10.1109/tmi.2020.3042765⟩
DOI
DOI : 10.1109/tmi.2020.3042765
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03110559/file/09284575%281%29.pdf BibTex

Conference papers

titre
Patient specific tracts-based analysis of diffusion compartment models: application to multiple sclerosis patients with acute optic neuritis
auteur
Olivier Commowick, Renaud Hédouin, Charlotte Laurent, Jean-Christophe Ferré
article
ISMRM 2021 - International Society for Magnetic Resonance in Medicine, May 2021, Toronto, Canada. pp.1-6
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https://hal.inria.fr/hal-03202059/file/ISMRM_2021.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
L’imagerie cérébrale néonatale
auteur
François Rousseau, Olivier Commowick, Julien Jomier, Nicolas Passat, Fabrice Wallois
article
2021
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2020

Journal articles

titre
Unsupervised Domain Adaptation With Optimal Transport in Multi-Site Segmentation of Multiple Sclerosis Lesions From MRI Data
auteur
Antoine Ackaouy, Nicolas Courty, Emmanuel Vallée, Olivier Commowick, Christian Barillot, Francesca Galassi
article
Frontiers in Computational Neuroscience, Frontiers, 2020, 14, pp.1-13. ⟨10.3389/fncom.2020.00019⟩
DOI
DOI : 10.3389/fncom.2020.00019
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02317028/file/fncom-14-00019.pdf BibTex
titre
Regional brain development analysis through registration using anisotropic similarity, a constrained affine transformation
auteur
Antoine Legouhy, Olivier Commowick, Maia Proisy, François Rousseau, Christian Barillot
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2020, 15 (2), pp.e0214174. ⟨10.1371/journal.pone.0214174⟩
DOI
DOI : 10.1371/journal.pone.0214174
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-02493143/file/legouhy2020_plosOne.pdf BibTex
titre
New OFSEP recommendations for MRI assessment of multiple sclerosis patients: Special consideration for gadolinium deposition and frequent acquisitions
auteur
Stephane Kremer, Salem Hannoun, Fabrice Bonneville, Francoise Durand-Dubief, Thomas Tourdias, Christian Barillot, Charles Guttmann, Sandra Vukusic, Vincent Dousset, Francois Cotton, R. Ameli, René Anxionnat, Bertrand Audoin, Arnaud Attye, Elise Bannier, Douraied Ben Salem, Marie-Paule Boncoeur-Martel, Gildas Bonhomme, Claire Boutet, Jean-Christophe Brisset, Frédéric Cervenansky, Béatrice Claise, Olivier Commowick, Jean-Marc Constans, Pascal Dardel, Hubert Desal, Jean-Christophe Ferré, Alina Gaultier, E. Gerardin, T. Glattard, Sylvie Grand, T. Grenier, Rémy Guillevin, A. Krainik, S. Lion, Nicolas Menjot de Champfleur, Lydiane Mondot, Olivier Outteryck, Nadya Pyatigorskaya, Jean-Pierre Pruvo, Sylvain Rabaste, Jean-Philippe Ranjeva, Jean-Amédée Roch, Jean-Claude Sadik, Dominic Sappey-Marinier, Julien Savatovsky, Jean-Yves Tanguy, Ayman Tourbah, Bruno Brochet, Romain Casey, Jerome de Seze, Pascal Douek, Francis Guillemin, David Laplaud, Christine Lebrun-Frenay, Lucilla Mansuy, Thibault Moreau, Javier Olaiz, Jean Pelletier, Claire Rigaud-Bully, Bruno Stankoff, Marc Debouverie, Gilles Edan, Jonathan Ciron, Catherine Lubetzki, Patrick Vermersch, Pierre Labauge, Gilles Defer, Eric Berger, Pierre Clavelou, O. Gout, Eric Thouvenot, Olivier Heinzlef, Abdullatif Al-Khedr, Bertrand Bourre, Olivier Casez, Philippe Cabre, Alexis Montcuquet, Alain Créange, Jean-Philippe Camdessanché, Serge Bakchine, A. Maurousset, Ivania Patry, Thomas de Broucker, Corinne Pottier, Jean-Philippe Neau, Céline Labeyrie, Chantal Nifle
article
Journal de Neuroradiologie / Journal of Neuroradiology, Elsevier Masson, 2020, 47 (4), pp.250-258. ⟨10.1016/j.neurad.2020.01.083⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.neurad.2020.01.083
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2019

Journal articles

titre
White matter abnormalities in depression: a categorical and phenotypic diffusion MRI study.
auteur
Julie Coloigner, Jean-Marie Batail, Olivier Commowick, Isabelle Corouge, Gabriel Robert, Christian Barillot, Dominique Drapier
article
Neuroimage-Clinical, Elsevier, 2019, 22, pp.101710. ⟨10.1016/j.nicl.2019.101710⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.nicl.2019.101710
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01938407/file/1-s2.0-S2213158219300609-main.pdf https://www.hal.inserm.fr/inserm-01938407/file/Coloigner_hal.pdf BibTex

Conference papers

titre
Online atlasing using an iterative centroid
auteur
Antoine Legouhy, Olivier Commowick, François Rousseau, Christian Barillot
article
MICCAI 2019 - 22nd International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2019, Shenzhen, China. pp.366-374, ⟨10.1007/978-3-030-32248-9_41⟩
DOI
DOI : 10.1007/978-3-030-32248-9_41
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-02317392/file/paper2061.pdf BibTex
titre
Tissue microstructure information from T2 relaxometry and diffusion MRI can identify multiple sclerosis (MS) lesions undergoing blood-brain barrier breakdown (BBB)
auteur
Sudhanya Chatterjee, Olivier Commowick, Onur Afacan, Simon Warfield, Christian Barillot
article
ISMRM 2019 - 27th Annual Meeting & Exhibition, May 2019, Montreal, Canada. pp.1-4
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-02153311/file/ISMRM_Chatterjee_2019.pdf BibTex
titre
Unbiased longitudinal brain atlas creation using robust linear registration and log-Euclidean framework for diffeomorphisms
auteur
Antoine Legouhy, Olivier Commowick, François Rousseau, Christian Barillot
article
ISBI 2019 - 16th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2019, Venise, Italy. pp.1038-1041, ⟨10.1109/ISBI.2019.8759508⟩
DOI
DOI : 10.1109/ISBI.2019.8759508
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-02099958/file/atlas.pdf BibTex
titre
Geometric evaluation of distortion correction methods in diffusion MRI of the spinal cord
auteur
Haykel Snoussi, Emmanuel Caruyer, Julien Cohen-Adad, Olivier Commowick, Benoit Combes, Elise Bannier, Anne Kerbrat, Christian Barillot
article
ISBI 2019 - 16th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2019, Venice, Italy. pp.1696-1699, ⟨10.1109/ISBI.2019.8759196⟩
DOI
DOI : 10.1109/ISBI.2019.8759196
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01986723/file/snoussi-caruyer-etal-isbi2019.pdf BibTex
titre
Deep learning for multi-site ms lesions segmentation: two-step intensity standardization and generalized loss function
auteur
Francesca Galassi, Solène Tarride, Emmanuel Vallée, Olivier Commowick, Christian Barillot
article
ISBI 2019 - 16th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2019, Venice, Italy. pp.1
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02052250/file/Template_ISBI2019.pdf BibTex

Habilitation à diriger des recherches

titre
Compartments imaging for the characterization of brain diseases from quantitative MRI
auteur
Olivier Commowick
article
Neurons and Cognition [q-bio.NC]. Université de Rennes 1, France, 2019
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https://www.hal.inserm.fr/tel-02173963/file/HDR.pdf BibTex

2018

Journal articles

titre
Objective Evaluation of Multiple Sclerosis Lesion Segmentation using a Data Management and Processing Infrastructure
auteur
Olivier Commowick, Audrey Istace, Michael Kain, Baptiste Laurent, Florent Leray, Mathieu Simon, Sorina Camarasu Pop, Pascal Girard, Roxana Ameli, Jean-Christophe Ferré, Anne Kerbrat, Thomas Tourdias, Frédéric Cervenansky, Tristan Glatard, Jeremy Beaumont, Senan Doyle, Florence Forbes, Jesse Knight, April Khademi, Amirreza Mahbod, Chunliang Wang, Richard Mckinley, Franca Wagner, John Muschelli, Elizabeth Sweeney, Eloy Roura, Xavier Llado, Michel Santos, Wellington Santos, Abel Silva-Filho, Xavier Tomas-Fernandez, Hélène Urien, Isabelle Bloch, Sergi Valverde, Mariano Cabezas, Francisco Javier Vera-Olmos, Norberto Malpica, Charles Guttmann, Sandra Vukusic, Gilles Edan, Michel Dojat, Martin Styner, Simon Warfield, François Cotton, Christian Barillot
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2018, 8 (1), pp.13650. ⟨10.1038/s41598-018-31911-7⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41598-018-31911-7
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01847873/file/s41598-018-31911-7.pdf BibTex
titre
USPIO-positive MS lesions are associated with greater tissue damage than gadolinium-positive-only lesions during 3-year follow-up
auteur
Anne Kerbrat, Benoît Combès, Olivier Commowick, Adil Maarouf, Elise Bannier, Jean-Christophe Ferré, Ayman Tourbah, Jean-Philippe Ranjeva, Christian Barillot, Gilles Edan
article
Multiple Sclerosis Journal, SAGE Publications, 2018, 24 (14), pp.1852-1861. ⟨10.1177/1352458517736148⟩
DOI
DOI : 10.1177/1352458517736148
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titre
Measurement of pediatric regional cerebral blood flow from 6 months to 15 years of age in a clinical population
auteur
Aline Carsin-Vu, Isabelle Corouge, Olivier Commowick, Guillaume Bouzillé, Christian Barillot, Jean-Christophe Ferré, Maia Proisy
article
European Journal of Radiology, Elsevier, 2018, 101, pp.38-44. ⟨10.1016/j.ejrad.2018.02.003⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.ejrad.2018.02.003
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Conference papers

titre
Objective Evaluation of Multiple Sclerosis Lesion Segmentation using a Data Management and Processing Infrastructure
auteur
Olivier Commowick, Christian Barillot
article
JFR 2018 - Journées Françaises de Radiologie, Oct 2018, Paris, France. pp.1-19
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01895603/file/Challenge_MS_SegmentationChallenge_JFR-OC.pdf BibTex
titre
Voxel-wise Comparison with a-contrario Analysis for Automated Segmentation of Multiple Sclerosis Lesions from Multimodal MRI
auteur
Francesca Galassi, Olivier Commowick, Emmanuel Vallee, Christian Barillot
article
MICCAI BrainLes 2018 workshop, Alessandro Crimi; Spyridon Bakas, Sep 2018, Granada, Spain. pp.180-188, ⟨10.1007/978-3-030-11723-8_18⟩
DOI
DOI : 10.1007/978-3-030-11723-8_18
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01888928/file/miccai2018.pdf BibTex
titre
A Bayes Hilbert Space for Compartment Model Computing in Diffusion MRI
auteur
Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Alessandra Menafoglio, Simon Warfield
article
MICCAI 2018 - International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention, Sep 2018, Grenade, Spain. pp.72-80, ⟨10.1007/978-3-030-00931-1_9⟩
DOI
DOI : 10.1007/978-3-030-00931-1_9
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01937992/file/MICCAI2018.pdf BibTex
titre
Identification of Gadolinium contrast enhanced regions in MS lesions using brain tissue microstructure information obtained from diffusion and T2 relaxometry MRI
auteur
Sudhanya Chatterjee, Olivier Commowick, Onur Afacan, Simon Warfield, Christian Barillot
article
21st International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention (MICCAI 2018), Sep 2018, Grenade, Spain. pp.63-71, ⟨10.1007/978-3-030-00931-1_8⟩
DOI
DOI : 10.1007/978-3-030-00931-1_8
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01830532/file/MICAAI_2018_Camera_Ready.pdf BibTex
titre
A 3-year follow-up study of enhancing and non-enhancing multiple sclerosis (MS) lesions in MS patients demonstrating clinically isolated syndrome (CIS) using a multi-compartment T2 relaxometry (MCT2) model
auteur
Sudhanya Chatterjee, Olivier Commowick, Onur Afacan, Benoît Combès, Anne Kerbrat, Simon Warfield, Christian Barillot
article
ISMRM Annual Meeting 2018, Jun 2018, Paris, France. pp.1-5
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01821694/file/HAL_copy_ISMRM_2018-MS-CIS-3yr-followup-study-MCT2.pdf BibTex
titre
Integration of Probabilistic Atlas and Graph Cuts for Automated Segmentation of Multiple Sclerosis lesions
auteur
Francesca Galassi, Olivier Commowick, Christian Barillot
article
International Society for Magnetic Resonance in Medicine (ISMRM 2018), Jun 2018, Paris, France. pp.1-6
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01823801/file/FG_ISMRM_rev1.pdf BibTex
titre
Anisotropic similarity, a constrained affine transformation: Application to brain development analysis
auteur
Antoine Legouhy, Olivier Commowick, François Rousseau, Christian Barillot
article
ISMRM 2018, Jun 2018, Paris, France. pp.1
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01871274/file/1781.pdf BibTex
titre
Multi-Compartment Model of Brain Tissues from T2 Relaxometry MRI Using Gamma Distribution
auteur
Sudhanya Chatterjee, Olivier Commowick, Onur Afacan, Simon K Warfield, Christian Barillot
article
ISBI 2018 - IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2018, Washington DC, United States. pp.141-144, ⟨10.1109/ISBI.2018.8363541⟩
DOI
DOI : 10.1109/ISBI.2018.8363541
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01744852/file/Template_ISBI2018-copy.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
A three year follow-up study of gadolinium enhanced and non-enhanced regions in multiple sclerosis lesions using a multi-compartment T2 relaxometry model.
auteur
Sudhanya Chatterjee, Olivier Commowick, Onur Afacan, Benoît Combès, Simon Warfield, Christian Barillot
article
2018
DOI
DOI : 10.1101/365379
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01837974/file/bioArxiv_preprint_three_year_follow_up_study.pdf BibTex

2017

Journal articles

titre
Longitudinal multiple sclerosis lesion segmentation: Resource and challenge
auteur
Aaron Carass, Snehashis Roy, Amod Jog, Jennifer L. Cuzzocreo, Elizabeth Magrath, Adrian Gherman, Julia Button, James Nguyen, Ferran Prados, Carole Sudre, Manuel Jorge Cardoso, Niamh Cawley, Olga Ciccarelli, Claudia Wheeler-Kingshott, Sébastien Ourselin, Laurence Catanese, Hrishikesh Deshpande, Pierre Maurel, Olivier Commowick, Christian Barillot, Xavier Tomas-Fernandez, Simon Warfield, Suthirth Vaidya, Abhijith Chunduru, Ramanathan Muthuganapathy, Ganapathy Krishnamurthi, Andrew Jesson, Tal Arbel, Oskar Maier, Heinz Handels, Leonardo Iheme, Devrim Unay, Saurabh Jain, Diana Sima, Dirk Smeets, Mohsen Ghafoorian, Bram Platel, Ariel Birenbaum, Hayit Greenspan, Pierre-Louis Bazin, Peter Calabresi, Ciprian Crainiceanu, Lotta Ellingsen, Daniel Reich, Jerry Prince, Dzung Pham
article
NeuroImage, Elsevier, 2017, 148, pp.77 - 102. ⟨10.1016/j.neuroimage.2016.12.064⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.neuroimage.2016.12.064
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01480156/file/2017-NI-Carass-Challenge-2016_Dec_22.pdf BibTex
titre
Block-Matching Distortion Correction of Echo-Planar Images With Opposite Phase Encoding Directions
auteur
Renaud Hedouin, Olivier Commowick, Elise Bannier, Benoit Scherrer, Maxime Taquet, Simon K. Warfield, Christian Barillot
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2017, 36 (5), pp.1106 - 1115. ⟨10.1109/TMI.2016.2646920⟩
DOI
DOI : 10.1109/TMI.2016.2646920
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https://hal.inria.fr/hal-01436561/file/TMI_FinalVersion_WithoutCopyright.pdf BibTex

Conference papers

titre
Comparison of inhomogeneity distortion correction methods in diffusion MRI of the spinal cord
auteur
Haykel Snoussi, Emmanuel Caruyer, Olivier Commowick, Elise Bannier, Anne Kerbrat, Christian Barillot
article
ESMRMB - 34th Annual Scientific Meeting European Society for Magnetic Resonance in Medecine and Biology, Oct 2017, Barcelone, Spain
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01579134/file/snoussi_et_al_esmrmb2017.pdf BibTex
titre
L2 Similarity Metrics for Diffusion Multi-Compartment Model Images Registration
auteur
Olivier Commowick, Renaud Hedouin, Emmanuel Caruyer, Christian Barillot
article
20th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention - MICCAI, Sep 2017, Québec, Canada. pp.257-265, ⟨10.1007/978-3-319-66182-7_30⟩
DOI
DOI : 10.1007/978-3-319-66182-7_30
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01556476/file/MICCAI17-317.pdf BibTex
titre
Gaining Insights Into Multiple Sclerosis Lesion Characteristics from Brain Tissue Microstructure Information: A Multi-Compartment T2 Relaxometry Approach
auteur
Sudhanya Chatterjee, Olivier Commowick, Simon Warfield, Christian Barillot
article
ISMRM 25TH ANNUAL MEETING & EXHIBITION, Apr 2017, Honolulu, Hawaii, USA, United States
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01543061/file/Gauss-MCM-poster.pdf BibTex
titre
Multi-Compartment T2 Relaxometry Model Using Gamma Distribution Representations: A Framework for Quantitative Estimation of Brain Tissue Microstructures
auteur
Sudhanya Chatterjee, Olivier Commowick, Simon K. Warfield, Christian Barillot
article
ISMRM 25TH ANNUAL MEETING & EXHIBITION, Apr 2017, Honolulu, Hawaii, USA, United States
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BibTex

2016

Journal articles

titre
Shanoir: Applying the Software as a Service Distribution Model to Manage Brain Imaging Research Repositories
auteur
Christian Barillot, Elise Bannier, Olivier Commowick, Isabelle Corouge, Anthony Baire, Ines Fackfack, Justine Guillaumont, Yao Yao, Michael Kain
article
Frontiers in information and communication technologies, Frontiers Media S.A., 2016, MAPPING: MAnagement and Processing of Images for Population ImagiNG, ⟨10.3389/fict.2016.00025⟩
DOI
DOI : 10.3389/fict.2016.00025
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01404864/file/Shanoir_Frontiers_final.pdf BibTex
titre
Imaging biomarkers in Multiple Sclerosis: from image analysis to population imaging
auteur
Christian Barillot, Gilles Edan, Olivier Commowick
article
Medical Image Analysis, Elsevier, 2016, 33, pp.134-139. ⟨10.1016/j.media.2016.06.017⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.media.2016.06.017
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https://hal.inria.fr/hal-01333583/file/Media-20years_Barillot_revised.pdf BibTex

Conference papers

titre
A Bayesian Model to Assess T2 Values and Their Changes Over Time in Quantitative MRI
auteur
Benoit Combès, Anne Kerbrat, Olivier Commowick, Christian Barillot
article
19th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention (MICCAI), Oct 2016, Athens, Greece. pp.570 - 578, ⟨10.1007/978-3-319-46726-9_66⟩
DOI
DOI : 10.1007/978-3-319-46726-9_66
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01349557/file/paper518.pdf BibTex
titre
Automatic Multiple Sclerosis lesion segmentation from Intensity-Normalized multi-channel MRI
auteur
Jeremy Beaumont, Olivier Commowick, Christian Barillot
article
Proceedings of the 1st MICCAI Challenge on Multiple Sclerosis Lesions Segmentation Challenge Using a Data Management and Processing Infrastructure - MICCAI-MSSEG, Oct 2016, Athens, Greece
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01424802/file/MSSEG_Beaumont_2.pdf BibTex
titre
Comprehensive Maximum Likelihood Estimation of Diffusion Compartment Models Towards Reliable Mapping of Brain Microstructure
auteur
Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Simon Warfield, Simone Vantini
article
19th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention (MICCAI), Oct 2016, Athens, Greece. pp.622 - 630, ⟨10.1007/978-3-319-46726-9_72⟩
DOI
DOI : 10.1007/978-3-319-46726-9_72
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01349556/file/MICCAI2016.pdf BibTex
titre
Multiple Sclerosis lesion segmentation using an automated multimodal Graph Cut
auteur
Jeremy Beaumont, Olivier Commowick, Christian Barillot
article
Proceedings of the 1st MICCAI Challenge on Multiple Sclerosis Lesions Segmentation Challenge Using a Data Management and Processing Infrastructure – MICCAI-MSSEG, Oct 2016, Athens, Greece. pp.1-8
Accès au texte intégral et bibtex
https://www.hal.inserm.fr/inserm-01417378/file/Beaumont%20et%20al%2C%20MSSEG_Challenge_Proceedings.pdf BibTex
titre
Maximum Likelihood Estimators of Brain White Matter Microstructure
auteur
Olivier Commowick, Aymeric Stamm, Simone Vantini, Simon Warfield
article
48th Scientific Meeting of the Italian Statistical Society, Jun 2016, Salerno, Italy
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01347200/file/SIS2016.pdf BibTex

Directions of work or proceedings

titre
MSSEG Challenge Proceedings: Multiple Sclerosis Lesions Segmentation Challenge Using a Data Management and Processing Infrastructure
auteur
Olivier Commowick, Frédéric Cervenansky, Roxana Ameli
article
MICCAI, Oct 2016, Athènes, Greece. 2016
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01397806/file/MSSEG_Challenge_Proceedings.pdf BibTex

2015

Journal articles

titre
The DTI Challenge: Toward Standardized Evaluation of Diffusion Tensor Imaging Tractography for Neurosurgery
auteur
Sonia Pujol, William Wells, Carlo Pierpaoli, Caroline Brun, James Gee, Guang Cheng, Baba Vemuri, Olivier Commowick, Sylvain Prima, Aymeric Stamm, Maged Goubran, Ali Khan, Terry Peters, Peter Neher, Klaus Maier-Hein, Yundi Shi, Antonio Tristan-Vega, Gopalkrishna Veni, Ross Whitaker, Martin Styner, Carl-Fredrik Westin, Sylvain Gouttard, Isaiah Norton, Laurent Chauvin, Hatsuho Mamata, Guido Gerig, Arya Nabavi, Alexandra Golby, Ron Kikinis
article
Journal of Neuroimaging, Wiley, 2015, pp.8. ⟨10.1111/jon.12283⟩
DOI
DOI : 10.1111/jon.12283
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BibTex
titre
CARMIN: a common web API for remote pipeline execution
auteur
Tristan Glatard, Yann Cointepas, Olivier Commowick, Michael Kain, Baptiste Laurent, Florent Leray, Christian Barillot
article
Frontiers in Neuroscience, Frontiers, 2015, 9, ⟨10.3389/conf.fnins.2015.91.00053⟩
DOI
DOI : 10.3389/conf.fnins.2015.91.00053
Accès au bibtex
BibTex
titre
Diffusion MRI abnormalities detection with orientation distribution functions: A multiple sclerosis longitudinal study
auteur
Olivier Commowick, Adil Maarouf, Jean-Christophe Ferré, Jean-Philippe Ranjeva, Gilles Edan, Christian Barillot
article
Medical Image Analysis, Elsevier, 2015, 22 (1), pp.114-123. ⟨10.1016/j.media.2015.02.005⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.media.2015.02.005
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01134107/file/Article_MS_ODF.pdf BibTex
titre
OFSEP, a nationwide cohort of people with multiple sclerosis: Consensus minimal MRI protocol
auteur
Roxana Amélie, René Anxionnat, Jean-Paul Armspach, Bertrand Audoin, Christian Barillot, Isabelle Berry, Fabrice Bonneville, Claire Boutet, Giovanni Castelnovo, Frédéric Cervenansky, Mikael Cohen, Olivier Commowick, François Cotton, Jérôme de Seze, Vincent Dousset, Françoise Durand-Dubief, Gilles Edan, Jean-Christophe Ferre, Damien Galanaud, Tristan Glattard, Sylvie Grand, Justine Guillaumont, Rémy Guillevin, Charles Guttmann, Salem Hannoun, Fabrice Heitz, Alexandre Krainik, Stéphane Kremer, Pierre Labauge, Nicolas Menjot de Champfleur, Jean-Philippe Ranjeva, Jean-Amédée Roch, Dominique Sappey-Marinier, Julien Savatovsky, Bruno Stankoff, Thomas Tourdias, Ayman Tourbah, Sandra Vukusic
article
Journal de Neuroradiologie / Journal of Neuroradiology, Elsevier Masson, 2015, 42 (3), pp.133 - 140. ⟨10.1016/j.neurad.2014.12.001⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.neurad.2014.12.001
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Conference papers

titre
Interpolation and Averaging of Multi-Compartment Model Images
auteur
Renaud Hedouin, Olivier Commowick, Aymeric Stamm, Christian Barillot
article
18th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention (MICCAI), Oct 2015, Munich, Germany. pp.354-362, ⟨10.1007/978-3-319-24571-3_43⟩
DOI
DOI : 10.1007/978-3-319-24571-3_43
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01185733/file/Miccai_2015_interpolation.pdf BibTex
titre
Shanoir: Software as a Service Environment to Manage Population Imaging Research Repositories
auteur
Christian Barillot, Elise Bannier, Olivier Commowick, Isabelle Corouge, Justine Guillaumont, Yao Yao, Michael Kain
article
MICCAI Workshop on MAnagement and Processing of images for Population ImagiNG, Oct 2015, Munich, Germany. pp.23-30
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01244551/file/MICCAI-MAPPING-Workshop-Shanoir.pdf BibTex
titre
Quantification of Myelin Degeneration in Multiple Sclerosis within Clinical Scan Times
auteur
Lucas Soustelle, Olivier Commowick, Elise Bannier, Christian Barillot
article
ISMRM, May 2015, Toronto, Canada
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titre
Results of a Phase 1b study to confirm safety and tolerability of olesoxime in multiple sclerosis patients
auteur
Jean Pelletier, Jean-Philippe Ranjeva, Ayman Tourbah, Gilles Edan, Christian Barillot, Sophie Le Lamer, Bertrand Audoin, Audrey Rico, Lydie Crespy, Ben Ridley, W Zaaraoui, Sylviane Confort-Gouny, Maxime Guye, Adil Maarouf, Nathalie Caucheteux, Marie-Pierre Chaunu, Christophe Portefaix, Laurent Pierot, Olivier Commowick, Anne Kerbrat, Laurence Catanese, Valerie Cuvier, Julien Veys, Rebecca Pruss, Wilfried Hauke
article
American Academy of Neurology, Apr 2015, Washington, DC, United States
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titre
Symmetric Block-Matching Registration for the Distortion Correction of Echo-Planar Images
auteur
Renaud Hedouin, Olivier Commowick, Maxime Taquet, Elise Bannier, Benoit Scherrer, Simon Warfield, Christian Barillot
article
IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), Apr 2015, New York, United States. pp.717-720
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01118766/file/215_0204.pdf BibTex
titre
Probabilistic One Class Learning for Automatic Detection of Multiple Sclerosis Lesions
auteur
Yogesh Karpate, Olivier Commowick, Christian Barillot
article
IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), Apr 2015, Brooklyn, United States. pp.486-489
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01127690/file/Yogesh_ISBI_Camera_Ready.pdf BibTex
titre
Automatic graph cut segmentation of multiple sclerosis lesions
auteur
Laurence Catanese, Olivier Commowick, Christian Barillot
article
ISBI Longitudinal Multiple Sclerosis Lesion Segmentation Challenge, Apr 2015, New York, United States
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01304109/file/ISBI_Challenge_Catanese.pdf BibTex
titre
Quantification de la fraction d’eau piégée dans la myéline – Faisabilité et évaluation clinique en SEP
auteur
Lucas Soustelle, Olivier Commowick, Elise Bannier, Christian Barillot
article
SFRMBM, Mar 2015, Grenoble, France
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titre
Robust Detection of Multiple Sclerosis Lesions from Intensity-Normalized Multi-Channel MRI
auteur
Yogesh Karpate, Olivier Commowick, Christian Barillot
article
SPIE Medical Imaging, Feb 2015, Orlando, United States
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01127692/file/Yogesh_camera_ready_SPIE.pdf BibTex

Patents

titre
Method of characterizing molecular diffusion within a body from a set of diffusionweighted magnetic resonance signals and apparatus for carrying out such a method
auteur
Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Patrick Pérez, Christian Barillot
article
France, Patent n° : 069127 WO. 2015
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Poster communications

titre
Symmetric Block-Matching Registration for the Distortion Correction of Echo-Planar Images
auteur
Renaud Hedouin, Olivier Commowick, Elise Bannier, Christian Barillot
article
ESMRMB, Oct 2015, Edimbourg, United Kingdom. 2015
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2014

Journal articles

titre
A Mathematical Framework for the Registration and Analysis of Multi-Fascicle Models for Population Studies of the Brain Microstructure
auteur
Maxime Taquet, Benoit Scherrer, Olivier Commowick, Jurriaan Peters, Mustafa Sahin, Benoît Macq, Simon K. Warfield
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2014, 33 (2), pp.504-517. ⟨10.1109/TMI.2013.2289381⟩
DOI
DOI : 10.1109/TMI.2013.2289381
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00903679/file/taquet_tmi.pdf BibTex
titre
Predictive Value of Imaging Markers at Multiple Sclerosis Disease Onset Based on Gadolinium- and USPIO-Enhanced MRI and Machine Learning
auteur
Alessandro Crimi, Olivier Commowick, Adil Maarouf, Jean-Christophe Ferré, Elise Bannier, Ayman Tourbah, Isabelle Berry, Jean-Philippe Ranjeva, Gilles Edan, Christian Barillot
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (4), pp.e93024. ⟨10.1371/journal.pone.0093024⟩
DOI
DOI : 10.1371/journal.pone.0093024
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https://hal.inria.fr/hal-00971524/file/journal.pone.0093024.PDF BibTex

Conference papers

titre
Simultaneous Estimation of T1, T2 and B1 Maps From Relaxometry MR Sequences
auteur
Fang Cao, Olivier Commowick, Elise Bannier, Christian Barillot
article
MICCAI Workshop on Intelligent Imaging Linking MR Acquisition and Processing, Sep 2014, United States. pp.16-23
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01052853/file/cao_intellmr2014.pdf BibTex
titre
Longitudinal Intensity Normalization in Multiple Sclerosis Patients
auteur
Yogesh Karpate, Olivier Commowick, Christian Barillot, Gilles Edan
article
MICCAI Workshop on Clinical Image-based Procedures, Sep 2014, Boston, United States. pp.1-8
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01074699/file/Yogesh_Camera_Ready_CLIP_2014.pdf BibTex
titre
Tracking the Cortico-Spinal Tract as a Multi-Modal Distribution of Streamlines from Local White Matter Microstructure Models
auteur
Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Xavier Tomas-Fernandez, Jolene Singh, Simon K. Warfield
article
MICCAI Challenge on DTI Tractography Proceedings, Sep 2014, Boston, United States. pp.21-32
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01066812/file/Miccai2014_DTI_Challenge_Stamm_withAcknowlegments.pdf BibTex
titre
Analyse d'images spatio-temporelles dans la Sclérose en Plaques
auteur
Christian Barillot, Yogesh Karpate, Alessandro Crimi, Olivier Commowick
article
Reconnaissance de Formes et Intelligence Artificielle (RFIA) 2014, Jun 2014, Rouen, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00988875/file/Barillot_RFIA_2014_final.pdf BibTex
titre
Fast and robust detection of the optimal number of fascicles in diffusion images using model averaging theory
auteur
Aymeric Stamm, Benoit Scherrer, Olivier Commowick, Christian Barillot, Simon K. Warfield
article
ISMRM, May 2014, Milan, Italy. pp.2629
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00993965/file/2629.pdf BibTex
titre
Non-central chi estimation of multi-compartment models improves model selection by reducing overfitting
auteur
Aymeric Stamm, Benoit Scherrer, Stefano Baraldo, Olivier Commowick, Simon K. Warfield
article
ISMRM, May 2014, Milan, Italy. pp.2623
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00993964/file/2623.pdf BibTex
titre
Quantitative Relaxation Templates for the Human Brain at 3T
auteur
Fang Cao, Olivier Commowick, Camille Maumet, Christian Barillot
article
IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2014, China. pp.57-60
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00950843/file/paper.pdf BibTex
titre
Fast Identification of Optimal Fascicle Configurations from Standard Clinical Diffusion MRI Using Akaike Information Criterion
auteur
Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Patrick Pérez, Christian Barillot
article
IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2014, China. pp.238-241
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00987802/file/astamm_isbi2014.pdf BibTex

2013

Journal articles

titre
GPU & CPU implementation of Young - Van Vliet's Recursive Gaussian Smoothing Filter
auteur
Irina Vidal-Migallón, Olivier Commowick, Xavier Pennec, Julien Dauguet, Tom Vercauteren
article
Insight Journal, Insight Software Consortium, 2013, pp.16
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Conference papers

titre
Statistical Analysis of White Matter Integrity for the Clinical Study of Specific Language Impairment in Children
auteur
Emmanuel Vallee, Olivier Commowick, Camille Maumet, Aymeric Stamm, Elisabeth Le Rumeur, Catherine Allaire, Jean-Christophe Ferré, Clément de Guibert, Christian Barillot
article
MICCAI 2013 Workshop on Computational Diffusion MRI, Sep 2013, Japan. pp.187-195, ⟨10.1007/978-3-319-02475-2_17⟩
DOI
DOI : 10.1007/978-3-319-02475-2_17
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00849267/file/CDMRI13_Vallee.pdf BibTex
titre
Tracking the Cortico-Spinal Tract from Low Spatial and Angular Resolution Diffusion MRI
auteur
Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Patrick Pérez, Christian Barillot
article
MICCAI 2013 DTI Tractography Challenge on Peritumoral White Matter Anatomy for Neurosurgical Decision-Making, Sep 2013, Japan. pp.43-53
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titre
Adaptive Multi-modal Particle Filtering for Probabilistic White Matter Tractography
auteur
Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Christian Barillot, Patrick Pérez
article
Information Processing in Medical Imaging, Jul 2013, Monterey, United States. pp.594-606, ⟨10.1007/978-3-642-38868-2_50⟩
DOI
DOI : 10.1007/978-3-642-38868-2_50
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00849053/file/astamm_ipmi2013.pdf BibTex
titre
Using bilateral symmetry to improve non-local means denoising of MR brain images
auteur
Sylvain Prima, Olivier Commowick
article
10th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging: From Nano to Macro (ISBI'2013), Apr 2013, San Francisco, United States. pp.1-8, ⟨10.1109/ISBI.2013.6556703⟩
DOI
DOI : 10.1109/ISBI.2013.6556703
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titre
Semi-Automatic Classification of Lesion Patterns in Patients with Clinically Isolated Syndrome
auteur
Alessandro Crimi, Olivier Commowick, Jean-Christophe Ferré, Adil Maarouf, Gilles Edan, Christian Barillot
article
International Symposium on Biomedical Imaging: From Nano to Macro, Apr 2013, San Francisco, United States. pp.1102-1105, ⟨10.1109/ISBI.2013.6556671⟩
DOI
DOI : 10.1109/ISBI.2013.6556671
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00800723/file/Crimi_Isbi_2013.pdf BibTex
titre
Multiple Sclerosis Lesions Evolution in Patients with Clinically Isolated Syndrome
auteur
Alessandro Crimi, Olivier Commowick, Jean-Christophe Ferré, Adil Maarouf, Gilles Edan, Christian Barillot
article
SPIE Medical Imaging 2013: Image Processing, Feb 2013, United States. pp.86690I-86690I-8
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00781478/file/8669_17.PDF BibTex
titre
Multimodal rigid-body registration of 3D brain images using bilateral symmetry
auteur
Sylvain Prima, Olivier Commowick
article
Medical Imaging 2013: Image Processing, Feb 2013, Lake Buena Vista (Orlando Area), United States. pp.866911, ⟨10.1117/12.2007075⟩
DOI
DOI : 10.1117/12.2007075
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00766642/file/8669_36.PDF BibTex

2012

Journal articles

titre
Estimating A Reference Standard Segmentation with Spatially Varying Performance Parameters: Local MAP STAPLE
auteur
Olivier Commowick, Alireza Akhondi-Asl, Simon Warfield
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2012, 31 (8), pp.1593-1606. ⟨10.1109/TMI.2012.2197406⟩
DOI
DOI : 10.1109/TMI.2012.2197406
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00697775/file/TMI_LocalStaple_Final.pdf BibTex
titre
Voxel-based quantitative analysis of brain images from F-18 Fluorodeoxyglucose Positron Emission Tomography with a Block-Matching algorithm for spatial normalization
auteur
Christophe Person, Valérie Louis-Dorr, Sylvain Poussier, Olivier Commowick, Grégoire Malandain, Louis Maillard, Didier Wolf, Nicolas Gilet, Véronique Roch, Gilles Karcher, Pierre-Yves Marie
article
Clinical Nuclear Medicine, Lippincott, Williams & Wilkins, 2012, 37 (3), pp.268-273. ⟨10.1097/RLU.0b013e3182443b2d⟩
DOI
DOI : 10.1097/RLU.0b013e3182443b2d
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titre
Automated delineation of white matter fiber tracts with a multiple region-of-interest approach.
auteur
Ralph Suarez, Olivier Commowick, Sanjay Prabhu, Simon K. Warfield
article
NeuroImage, Elsevier, 2012, 59 (4), pp.3690-3700. ⟨10.1016/j.neuroimage.2011.11.043⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.neuroimage.2011.11.043
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Conference papers

titre
Registration and Analysis of White Matter Group Differences with a Multi-Fiber Model
auteur
Maxime Taquet, Benoit Scherrer, Olivier Commowick, Jurriaan Peters, Mustafa Sahin, Benoît Macq, Simon Warfield
article
15th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2012, Nice, France. pp.313-320
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00716110/file/paper_1124.pdf BibTex
titre
Non-local robust detection of DTI white matter differences with small databases.
auteur
Olivier Commowick, Aymeric Stamm
article
MICCAI 2012 - 15th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2012, Nice, France. pp.476-84, ⟨10.1007/978-3-642-33454-2_59⟩
DOI
DOI : 10.1007/978-3-642-33454-2_59
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00716094/file/Miccai2012_NLMT.pdf https://www.hal.inserm.fr/inserm-00716094/file/inserm-00716094_edited.pdf BibTex
titre
MRI Estimation of T1 Relaxation Time Using a Constrained Optimization Algorithm
auteur
Fang Cao, Olivier Commowick, Elise Bannier, Jean-Christophe Ferré, Gilles Edan, Christian Barillot
article
MBIA 2012, Oct 2012, Nice, France. pp.203-214
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00723849/file/workshop.pdf BibTex
titre
Multifiber Deterministic Streamline Tractography of the Corticospinal Tract Based on a New Diffusion Model: Part II
auteur
Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Patrick Pérez, Christian Barillot
article
MICCAI 2012 DTI Tractography Challenge, Oct 2012, Nice, France. pp.12-20
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00725366/file/Workshop_DDITracto.pdf BibTex
titre
Automated diffeomorphic registration of anatomical structures with rigid parts: application to dynamic cervical MRI.
auteur
Olivier Commowick, Nicolas Wiest-Daesslé, Sylvain Prima
article
MICCAI 2012 - 15th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2012, Nice, France. pp.163-70, ⟨10.1007/978-3-642-33418-4_21⟩
DOI
DOI : 10.1007/978-3-642-33418-4_21
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00716106/file/miccai2012_BMNReg.pdf https://www.hal.inserm.fr/inserm-00716106/file/inserm-00716106_edited.pdf BibTex
titre
Block-Matching Strategies for Rigid Registration of Multimodal Medical Images
auteur
Olivier Commowick, Nicolas Wiest-Daesslé, Sylvain Prima
article
9th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI'2012), May 2012, Barcelona, Spain. pp.700-703, ⟨10.1109/ISBI.2012.6235644⟩
DOI
DOI : 10.1109/ISBI.2012.6235644
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00681610/file/isbi2012.pdf BibTex

2011

Journal articles

titre
Evaluation of registration methods on thoracic CT: the EMPIRE10 challenge.
auteur
Keelin Murphy, Bram van Ginneken, Joseph Reinhardt, Sven Kabus, Kai Ding, Xiang Deng, Kunlin Cao, Kaifang Du, Gary Christensen, Vincent Garcia, Tom Vercauteren, Nicholas Ayache, Olivier Commowick, Grégoire Malandain, Ben Glocker, Nikolaos Paragios, Nassir Navab, Vladlena Gorbunova, Jon Sporring, Marleen de Bruijne, Xiao Han, Mattias Heinrich, Julia Schnabel, Mark Jenkinson, Cristian Lorenz, Marc Modat, Jamie Mcclelland, Sébastien Ourselin, Sacha Muenzing, Max Viergever, Dante de Nigris, Louis Collins, Tal Arbel, Marta Peroni, Rui Li, Gregory Sharp, Alexander Schmidt-Richberg, Jan Ehrhardt, René Werner, Dirk Smeets, Dirk Loeckx, Gang Song, Nicholas Tustison, Brian Avants, James Gee, Marius Staring, Stefan Klein, Berend Stoel, Martin Urschler, Manuel Werlberger, Jef Vandemeulebroucke, Simon Rit, David Sarrut, Josien Pluim
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2011, 30 (11), pp.1901-20. ⟨10.1109/TMI.2011.2158349⟩
DOI
DOI : 10.1109/TMI.2011.2158349
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00607794/file/05782992.pdf BibTex

Conference papers

titre
Comparison of 3 Diffusion Models to Track the Hand Motor Fibers within the Corticospinal Tract Using Functional, Anatomical and Diffusion MRI
auteur
Nicolas Wiest-Daesslé, Olivier Commowick, Aymeric Stamm, Patrick Pérez, Christian Barillot, Romuald Seizeur, Sylvain Prima
article
MICCAI 2011 Workshop on Computational Diffusion MRI (CDMRI'11), Sep 2011, Toronto, Canada. pp.150-157
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00628264/file/Tractography_CDMRI_2011.pdf BibTex
titre
Multifiber Deterministic Streamline Tractography of the Corticospinal Tract Based on a New Diffusion Model
auteur
Olivier Commowick, Aymeric Stamm, Romuald Seizeur, Patrick Pérez, Christian Barillot, Sylvain Prima, Nicolas Wiest-Daesslé
article
MICCAI 2011 DTI Tractography Challenge Workshop, Sep 2011, Toronto, Canada. pp.18-24
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00627893/file/Workshop_DDITracto.pdf BibTex
titre
Automated detection of white matter fiber bundles
auteur
Ralph Suarez, Olivier Commowick, Xavier Tomas-Fernandez, Sanjay Prabhu, Simon Warfield
article
IEEE International Symposium on Biomedical Imaging: From Nano to Macro, 2011, Apr 2011, Chicago, IL, United States. pp.845-848, ⟨10.1109/ISBI.2011.5872536⟩
DOI
DOI : 10.1109/ISBI.2011.5872536
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00607800/file/ISBI-Suarez-FinalDraft_2_.pdf BibTex

2010

Journal articles

titre
Outils de contourage, utilisation et construction d'atlas anatomiques : exemples des cancers de la tete et du cou
auteur
Liliane Ramus, Juliette Thariat, Pierre-Yves Marcy, Yoann Pointreau, Guillaume Bera, Olivier Commowick, Grégoire Malandain
article
Cancer Radiothérapie, Elsevier Masson, 2010, 14 (3), pp.206-12
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Conference papers

titre
Construction of patient specific atlases from locally most similar anatomical pieces.
auteur
Liliane Ramus, Olivier Commowick, Grégoire Malandain
article
Med Image Comput Comput Assist Interv (MICCAI), Sep 2010, China. pp.155-162
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00550024/file/RamusMiccai2010.pdf https://www.hal.inserm.fr/inserm-00550024/file/inserm-00550024_edited.pdf BibTex
titre
Incorporating priors on expert performance parameters for segmentation validation and label fusion: a maximum a posteriori STAPLE.
auteur
Olivier Commowick, Simon K Warfield
article
Med Image Comput Comput Assist Interv, Sep 2010, China. pp.25-32
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00550016/file/CommowickMiccai2010.pdf BibTex
titre
A Robust and Efficient Block Matching Framework for Non Linear Registration of Thoracic CT Images
auteur
Vincent Garcia, Olivier Commowick, Grégoire Malandain
article
Grand Challenges in Medical Image Analysis (MICCAI workshop), 2010, Beijing, China, China. pp.1-10
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https://hal.inria.fr/inria-00616148/file/Garcia_2010_EMPIRE10_2.pdf BibTex

2009

Journal articles

titre
A pre-clinical assessment of an atlas-based automatic segmentation tool for the head and neck
auteur
Richard Sims, Aurélie Isambert, Vincent Grégoire, François Bidault, Lydia Fresco, John Sage, John Mills, Jean Bourhis, Dimitri Lefkopoulos, Olivier Commowick, Mehdi Benkebil, Grégoire Malandain
article
Radiotherapy and Oncology, Elsevier, 2009, 93 (3), pp.474-8
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BibTex
titre
A Fast and Log-Euclidean Polyaffine Framework for Locally Linear Registration
auteur
Vincent Arsigny, Olivier Commowick, Nicholas Ayache, Xavier Pennec
article
Journal of Mathematical Imaging and Vision, Springer Verlag, 2009, 33 (2), pp.222-238. ⟨10.1007/s10851-008-0135-9⟩
DOI
DOI : 10.1007/s10851-008-0135-9
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https://hal.inria.fr/inria-00616084/file/Arsigny_JMIV_polyaffine_1_.pdf BibTex

Conference papers

titre
Using Frankenstein's Creature Paradigm to Build a Patient Specific Atlas
auteur
Olivier Commowick, Simon K. Warfield, Grégoire Malandain
article
Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention (MICCAI'09), Part II, 2009, London, UK, United States. pp.993--1000, ⟨10.1007/978-3-642-04271-3_120⟩
DOI
DOI : 10.1007/978-3-642-04271-3_120
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https://hal.inria.fr/inria-00616133/file/CommowickMiccai2009.pdf BibTex

2008

Journal articles

titre
An efficient locally affine framework for the smooth registration of anatomical structures
auteur
Olivier Commowick, Vincent Arsigny, Aurélie Isambert, Jimena Costa, Frédéric Dhermain, F. Bidault, Pierre-Yves Bondiau, Nicholas Ayache, Grégoire Malandain
article
Medical Image Analysis, Elsevier, 2008, 12 (4), pp.427-41. ⟨10.1016/j.media.2008.01.002⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.media.2008.01.002
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titre
Evaluation of an atlas-based automatic segmentation software for the delineation of brain organs at risk in a radiation therapy clinical context
auteur
Aurélie Isambert, Frédéric Dhermain, F. Bidault, Olivier Commowick, Pierre-Yves Bondiau, Grégoire Malandain, Dimitri Lefkopoulos
article
Radiotherapy and Oncology, Elsevier, 2008, 87 (1), pp.93-9. ⟨10.1016/j.radonc.2007.11.030⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.radonc.2007.11.030
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titre
Atlas-Based Delineation of Lymph Node Levels in Head and Neck Computed Tomography Images
auteur
Olivier Commowick, Vincent Grégoire, Grégoire Malandain
article
Radiotherapy and Oncology, Elsevier, 2008, 87 (2), pp.281-289
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Conference papers

titre
Detection of DTI white matter abnormalities in multiple sclerosis patients.
auteur
Olivier Commowick, Pierre Fillard, Olivier Clatz, Simon K Warfield
article
International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2008, New York City, United States. pp.975-82, ⟨10.1007/978-3-540-85988-8_116⟩
DOI
DOI : 10.1007/978-3-540-85988-8_116
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2007

Conference papers

titre
Efficient Selection of the Most Similar Image in a Database for Critical Structures Segmentation
auteur
Olivier Commowick, Grégoire Malandain
article
Proc. Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention (MICCAI'07), Part II, 2007, Brisbane, Australia, Australia. pp.203--210
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Theses

titre
Création et utilisation d'atlas anatomiques numériques pour la radiothérapie
auteur
Olivier Commowick
article
Interface homme-machine [cs.HC]. Université Nice Sophia Antipolis, 2007. Français
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00133432/file/These.pdf BibTex

2006

Conference papers

titre
Statistics on Diffeomorphisms in a Log-Euclidean Framework
auteur
Vincent Arsigny, Olivier Commowick, Xavier Pennec, Nicholas Ayache
article
1st MICCAI Workshop on Mathematical Foundations of Computational Anatomy: Geometrical, Statistical and Registration Methods for Modeling Biological Shape Variability, Oct 2006, Copenhagen, Denmark. pp.14-15
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https://hal.inria.fr/inria-00635671/file/Arsigny_MFCA06.pdf BibTex
titre
A Log-Euclidean Polyaffine Framework for Locally Rigid or Affine Registration
auteur
Vincent Arsigny, Olivier Commowick, Xavier Pennec, Nicholas Ayache
article
Proceedings of the Third International Workshop on Biomedical Image Registration (WBIR'06), 2006, Utrecht, The Netherlands, Netherlands. pp.120-127, ⟨10.1007/11784012_15⟩
DOI
DOI : 10.1007/11784012_15
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titre
A Log-Euclidean Framework for Statistics on Diffeomorphisms
auteur
Vincent Arsigny, Olivier Commowick, Xavier Pennec, Nicholas Ayache
article
Proc. of the 9th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention (MICCAI'06), Part I, 2006, Copenhaguen, Denmark. pp.924--931, ⟨10.1007/11866565_113⟩
DOI
DOI : 10.1007/11866565_113
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titre
Evaluation of Atlas Construction Strategies in the Context of Radiotherapy Planning
auteur
Olivier Commowick, Grégoire Malandain
article
Proceedings of the SA2PM Workshop (From Statistical Atlases to Personalized Models), 2006, Copenhagen, Denmark
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titre
An Efficient Locally Affine Framework for the Registration of Anatomical Structures
auteur
Olivier Commowick, Vincent Arsigny, Jimena Costa, Nicholas Ayache, Grégoire Malandain
article
Proceedings of the Third IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI 2006), 2006, Crystal Gateway Marriott, Arlington, Virginia, USA, United States. pp.478-481
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Reports

titre
A Fast and Log-Euclidean Polyaffine Framework for Locally Affine Registration
auteur
Vincent Arsigny, Olivier Commowick, Xavier Pennec, Nicholas Ayache
article
[Research Report] RR-5865, INRIA. 2006, pp.46
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https://hal.inria.fr/inria-00070161/file/RR-5865.pdf BibTex

2005

Journal articles

titre
Atlas-based automatic segmentation of MR images: validation study on the brainstem in radiotherapy context
auteur
Pierre-Yves Bondiau, Grégoire Malandain, Stéphane Chanalet, Pierre-Yves Marcy, Jean-Louis Habrand, François Fauchon, Philippe Paquis, Adel Courdi, Olivier Commowick, Isabelle Rutten, Nicholas Ayache
article
International Journal of Radiation Oncology - Biology - Physics, Elsevier, 2005, 61 (1), pp.289-98. ⟨10.1016/j.ijrobp.2004.08.055⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.ijrobp.2004.08.055
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Conference papers

titre
Incorporating statistical measures of anatomical variability in atlas-to-subject registration for conformal brain radiotherapy.
auteur
Olivier Commowick, Radu Stefanescu, Pierre Fillard, Vincent Arsigny, Nicholas Ayache, Xavier Pennec, Grégoire Malandain
article
Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention - MICCAI 2005, Oct 2005, Palm Springs, CA, United States. pp.927-34, ⟨10.1007/11566489_114⟩
DOI
DOI : 10.1007/11566489_114
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